Le microbiote, un héritage en construction

La communauté scientifique l’a désormais établi avec certitude : le bébé est stérile lorsqu’il est dans le ventre de sa mère. « Le bébé in utero ne contient pas de bactéries vivantes. Mais cela ne veut pas dire pour autant qu’il est isolé du monde microbien », précise d’emblée Hervé Blottière, directeur de l’unité PhAN. En l’occurrence, il n’est pas isolé de celui de sa mère : « Le microbiote maternel produit des métabolites microbiens comme les acides gras à chaîne courte, le tryptophane et ses dérivés et les acides biliaires secondaires. Il produit aussi des vésicules extracellulaires bactériennes, minuscules capsules lipidiques renfermant de l’ADN, de l’ARN, des protéines et des métabolites. Tous ces éléments sont capables de traverser la barrière placentaire et d’influencer ainsi le développement du système immunitaire ou neurologique du fœtus », poursuit le scientifique. 
Ainsi, sans être colonisé, le futur enfant commence déjà à ressentir les effets biochimiques d’un environnement microbien façonné par sa mère. Cet environnement maternel dépend lui-même de nombreux facteurs : mode de vie, alimentation, prise de médicaments ou encore statut métabolique.

La naissance, un choc microbien fondateur

Un bébé né par voie naturelle hérite du microbiote vaginal et intestinal de sa mère.

Neuf mois plus tard, la naissance marque une rupture radicale. En quelques minutes, le nouveau-né est plongé dans un bain de microorganismes. Le mode d’accouchement détermine en grande partie la composition initiale de son microbiote. Un bébé né par voie naturelle hérite du microbiote vaginal et intestinal de sa mère, tandis qu’une naissance par césarienne l’expose surtout aux microbiotes cutanés et environnementaux de la mère ou du personnel soignant. Cette différence initiale entraîne des compositions microbiennes distinctes au cours des premières semaines de vie : « les bébés nés par césarienne présentent davantage de pathogènes opportunistes et un retard de colonisation par des bactéries considérées comme bénéfiques pour la santé du nourrisson (bifidobactéries, lactobacilles). On parle alors d’un microbiote altéré et appauvri », ajoute Hervé Blottière.
Ces différences initiales tendent toutefois à s’atténuer au fil du temps : « L’influence du mode d’accouchement sur la composition du microbiote de l’enfant n’est que rarement détectée au-delà de la deuxième année de vie », ajoute Patricia Parnet, chercheuse à l’unité PhAN.
Pourtant, même si le microbiote finit par se normaliser, ces premières perturbations pourraient laisser une empreinte durable sur la physiologie et la santé future, notamment en matière de troubles métaboliques, d’allergies ou de régulation du comportement alimentaire. « Les études épidémiologiques associent le profil des enfants nés par césarienne à un risque accru de maladies chroniques : allergies, asthme, diabète, obésité et maladies inflammatoires », souligne Hervé Blottière.
La chercheuse Rebeca Martin-Rosique étudie ce sujet au sein de l’Institut Micalis (INRAE, AgroParisTech, université Paris-Saclay). Elle confirme ces observations à travers des essais en laboratoire menés sur des modèles animaux : chez la souris, la césarienne altère le transfert de microbiote maternel, induit une inflammation intestinale plus marquée et se traduit, à l’âge adulte, par une plus grande sensibilité à certaines maladies et une anxiété accrue. Ces résultats précliniques éclairent ce qui pourrait, chez l’humain, constituer une empreinte physiologique durable sur l’axe intestin-cerveau. « Dans le monde, le nombre de nourrissons nés par césarienne a considérablement augmenté ces dernières années, dépassant les recommandations de l’OMS indiquant que les césariennes ne devraient pas dépasser 10 à 15 % des accouchements. En France, elles concernent aujourd’hui 20 % des naissances. Même si ce mode d’accouchement chirurgical permet de sauver des vies dans certaines situations à risque, au vu de ces résultats sur la modulation du microbiote, il faut encourager une réflexion éclairée autour des césariennes non médicales, dites de confort », estime Rebeca Martin-Rosique. La chercheuse travaille sur le développement de probiotiques ciblés pour les enfants nés par césarienne : « Nous venons de démarrer en juillet 2025 un projet financé par le Carnot Qualiment. Notre objectif est de développer une préparation qui cible les bébés nés par césarienne via des probiotiques adaptés pour restaurer ou améliorer leur microbiote. Nous travaillons depuis quelques années aussi sur le développement de probiotiques classiques. Un brevet a déjà été déposé, lié aux souches sélectionnées en laboratoire », explique la chercheuse.

Les antibiotiques, ennemis du microbiote

Au-delà du mode d’accouchement, les antibiotiques constituent un autre perturbateur majeur du microbiote infantile. Indispensable pour traiter certaines infections, leur administration, même ponctuelle, à la mère ou au nouveau-né autour de la naissance, appauvrit la diversité microbienne et retarde l’installation de bactéries bénéfiques telles que les bifidobactéries. « Chez le rongeur, l’administration d’antibiotiques en début de vie entraîne une perturbation durable du microbiote et une prise de masse grasse accrue, avec des effets différenciés selon le sexe », explique Patricia Parnet. Selon Hervé Blottière, plusieurs études associent ces altérations chez l’humain à une hausse du risque de maladies chroniques comme les allergies (+ 35 %), l’asthme (+ 90 %), l’obésité (+ 20 %), voire des troubles de l’attention ou d’hyperactivité. Ici aussi, « une réflexion éclairée autour d’une utilisation plus raisonnée des antibiotiques mériterait d’être menée », propose Patricia Parnet.

Prévenir dès la grossesse : la voie des prébiotiques

Face à ces perturbations précoces du microbiote et à leurs conséquences durables, des chercheurs explorent désormais des stratégies de prévention pouvant agir dès la grossesse. C’est l’objectif de l’étude clinique PREGRALL, codirigée par le professeur Sébastien Barbarot (CHU de Nantes) et la chercheuse Marie Bodinier de l’unité Biopolymères interactions assemblages (BIA) à INRAE. 
Cette étude a évalué si une supplémentation maternelle en prébiotiques (galacto-oligosaccharides/inuline) pendant la grossesse pouvait moduler le microbiote intestinal et l’immunité maternelle, et ainsi influencer favorablement le développement immunitaire et microbien du futur enfant pour le protéger des allergies.
Les résultats initiaux montrent que ces prébiotiques sont effectivement capables de modifier le microbiote intestinal et certains marqueurs immunitaires et métaboliques sanguins des femmes, avec un impact mesurable sur leurs enfants au début de la vie. En revanche, aucune réduction significative de la dermatite atopique (eczéma) à 1 an n’a été observée, même si la chercheuse souligne que des effets protecteurs à plus long terme restent possibles. Des travaux précliniques chez la souris confortent cette hypothèse, suggérant que la modulation prénatale du microbiote maternel pourrait limiter la survenue d’allergies alimentaires de la descendance.
Dans une autre étude à laquelle a aussi collaboré Marie Bodinier, on observe que les effets bénéfiques du 2’-fucosyllactose, l’oligosaccharide le plus présent dans le lait maternel, ne se limitent pas à la période postnatale : une supplémentation maternelle en 2’-FL dans un modèle animal (murin) pendant la grossesse induit chez la descendance une protection complète contre l’allergie alimentaire. Les chercheurs ont démontré que cette protection s’accompagnait d’une empreinte durable sur le microbiote intestinal des descendants, d’un renforcement de la barrière épithéliale intestinale et de l’établissement de la tolérance immunitaire. 
Le troisième facteur agissant sur le microbiote est l’alimentation que reçoit l’enfant, à commencer par le lait maternel. « On le sait maintenant, la maman qui allaite va transférer un microbiote à son bébé. D’abord son microbiote cutané, celui que l’on va retrouver sur le sein, mais aussi grâce au lait maternel lui-même qui contient un microbiote propre qu’on commence à analyser plus finement », explique Hervé Blottière. L’allaitement maternel favorise ainsi la colonisation par des bifidobactéries protectrices, nourries notamment par les oligosaccharides complexes du lait humain. « La composition et le microbiote du lait dépendent de la santé métabolique de la mère et de son microbiote », souligne Patricia Parnet.

Le fromage, un allié inattendu contre les allergies ?

À partir des 4-6 mois de l’enfant, le démarrage de la diversification alimentaire marque un nouveau tournant. Le microbiote, jusque-là dominé par des bifidobactéries, s’enrichit en nouvelles espèces issues des aliments solides. « Le microbiote est particulièrement sensible aux facteurs environnementaux au cours de ses premières années de maturation », rappelle Patricia Parnet. Parmi les aliments solides que l’enfant découvre à l’occasion de la diversification, il en est un qui pourrait interagir fortement avec le microbiote de l’enfant. S’appuyant sur les travaux de la cohorte européenne Pasture, la chercheuse Sophie Nicklaus a mis en évidence un fait intéressant : toute consommation de fromage entre 12 et 18 mois était associée à un risque plus faible à 6 ans de dermatite atopique (eczéma), d’allergie alimentaire, de rhinite allergique, d’asthme et de sensibilisation aux allergènes tant alimentaires qu’inhalés. Six types de fromage étaient consommés dans cette étude observationnelle : fromage pressé, semi-pressé, à pâte molle, bleu, frais, de la ferme. Or, plus la variété de fromages était grande, plus l’effet protecteur semblait fort 1. Par sa richesse en microorganismes, avec bactéries, levures et moisissures bénéfiques, le fromage pourrait ainsi induire une plus grande diversité du microbiote intestinal. Comme cette étude résulte d’observations, elle ne prouve pas formellement un lien de cause à effet : elle devrait être complétée par des essais cliniques. À l’issue de ces résultats, l’étude renforce toutefois la théorie de l’hypothèse du microbiote, version moderne de l’hypothèse hygiéniste, selon laquelle la diminution de la diversité microbienne dans notre environnement et notre alimentation fragilise notre système immunitaire.

Pour conclure

Les 1 000 premiers jours constituent une fenêtre critique du développement, mais non un destin figé. La plasticité biologique et comportementale de l’enfant à cette période de vie incite à agir précocement mais sans fatalisme. La diversité alimentaire dès la grossesse, l’allaitement, la diversification alimentaire et la prévention des expositions aux contaminants peuvent façonner durablement la santé. Dans ce cadre, la recherche joue un rôle clé pour générer des connaissances, concevoir des aliments innovants et guider les politiques de prévention afin d’élaborer un discours qui soutienne plutôt qu’il ne culpabilise les parents. Le champ d’étude de la DOHaD, fortement centré jusqu’à présent sur les 1 000 premiers jours, s’ouvre aujourd’hui à d’autres périodes clés, comme l’adolescence, moment crucial de transformations physiques et psychiques où des habitudes alimentaires peuvent se remodeler, et redessiner les trajectoires de santé future.