Un observatoire mondial des microbiomes et un nouveau cap pour PREZODE : deux initiatives scientifiques majeures au One Health Summit
Une infrastructure scientifique internationale chargée de cartographier les microbiomes de populations humaines du monde entier voit le jour, tandis que la coalition mondiale de prévention des zoonoses PREZODE franchit de nouvelles étapes avec le soutien de la Banque mondiale et l’implication de nouveaux pays. Deux annonces significatives, reprises dans les engagements officiels retenus à l'issue du One Health Summit, qui s'est tenu à Lyon sous co-présidence franco-ghanéenne.
Publié le 08 avril 2026
L'Observatoire mondial inter-santé des microbiomes, une infrastructure scientifique inédite
50 cohortes scientifiques, 25 pays, 5 continents : c'est sur cette Alliance des Cohortes du Microbiome Humain, amenée à s’élargir, que s'appuiera l'Observatoire mondial inter-santés des microbiomes, une nouvelle infrastructure permanente de collecte, d'harmonisation et d'analyse des microbiomes à l'échelle mondiale, annoncée le 8 avril 2026 et cordonnée par INRAE, avec VIB-KU Leuven et le soutien de l'Inserm, et porté par le World Microbiome Partnership.
Près de 500 000 profils microbiens humains ont déjà été collectés grâce à cette alliance, avec pour objectif d’atteindre 1 million de microbiomes humains récoltés d’ici 2030 afin d'assurer une représentativité statistique inégalée à date , puis d’élargir le périmètre de recherche aux microbiomes des sols, des océans, et des plantes dès 2028, un périmètre plus complexe mais nécessaire à la couverture de l’ensemble du continuum One Health.
Les retombées attendues sont doubles : produire de la connaissance activable pour la recherche et l'innovation privée, et donner aux autorités publiques comme aux citoyens des indicateurs de santé consensuels ainsi qu’un accès aux solutions basées sur les microbiomes.
« Le microbiome est à la fois un déclencheur et une solution face aux grands défis sociétaux : la progression des maladies chroniques, le développement des résistances aux antimicrobiens, l'érosion de la biodiversité, le dérèglement climatique, et la transition des systèmes agricoles et alimentaires. » — Philippe Mauguin, PDG d'INRAE
Ce qu'un million de profils rend possible
Le microbiome humain variant profondément selon l’alimentation, les pratiques agricoles ou même l’exposition aux contaminants, l’une des forces de cette alliance repose sur la variété des profils récoltés, avec des partenaires issus de dizaines de pays aux contextes sanitaires et environnementaux contrastés -Allemagne, Arménie, Cambodge, Chypre, Corée du Sud, Égypte, Espagne, États-Unis, Italie, Japon, Mexique, Singapour, et bien d'autres. Jusqu’ici, la recherche se heurte à plusieurs obstacles : absence de standards harmonisés entre pays, cadres réglementaires fragmentés, et accès inéquitable aux innovations pour les équipes des pays du Sud, plus de 70 % des données métagénomiques humaines disponibles provenant aujourd'hui d'Amérique du Nord et d'Europe. Autant de défis que l'observatoire entend adresser.
« Atteindre le million de profils harmonisés débloquerait les verrous actuels, avec un enjeu autant méthodologique que scientifique », explique Thierry Caquet, vice-président d'INRAE à l'international. « La force de l'approche repose sur la mise en commun du plus grand nombre de données standardisées possible ».
Cette puissance statistique pourrait permettre d'identifier des signatures à l'échelle mondiale, de développer des biomarqueurs diagnostiques précoces, de faire avancer des solutions thérapeutiques personnalisées, et d'alimenter des modèles prédictifs à grande échelle, notamment par l'intelligence artificielle, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives en médecine personnalisée et en nutrition de précision. L’enjeu est également économique : le marché mondial des produits basés sur les microbiomes pour la santé humaine est estimé à 1,4 milliard de dollars en 2027, celui des applications agricoles (biostimulants pour les cultures, additifs microbiens pour l'élevage, restauration des microbiomes des sols) est quant à lui estimé à près de 12 milliards de dollars la même année.
« Ce projet international ambitieux requiert un engagement à toutes les échelles, institutions gouvernementales et organismes de financement, pour soutenir son développement et nourrir le dialogue entre science et décision. » — Philippe Mauguin, PDG d'INRAE
La métagénomique shotgun, une expertise française depuis 2010
La métagénomique shotgun s’est développé en France dès 2010, notamment construit à travers le projet MetaHIT (2008- 2013), un consortium européen de 13 partenaires issus de 8 pays, financé par la Commission européenne, dont INRAE a assuré la coordination scientifique. Une publication dans Nature en 2010 a établi un catalogue de référence des gènes du microbiome intestinal humain, avec 3,3 millions de gènes, 150 fois plus que le génome humain, qui a servi de base aux travaux ultérieurs sur la diversité et les fonctions du microbiome humain. Le nouvel observatoire mondial capitalise sur les programmes nationaux France 2030 PEPR SAMS et France Cohortes, dont 30 millions d'euros déjà investis via le projet French Gut.
L'extension à partir de 2028 aux microbiomes des sols, des océans et des agrosystèmes découle d'une logique scientifique directe. Comme le souligne Thierry Caquet, « notre microbiote dépend fortement de notre environnement : alimentation, environnement chimique, contacts avec des sols plus ou moins pollués. Nous partageons nos microbes avec le reste du vivant et avec les compartiments de l'environnement, eau, sol, animaux, plantes. Cela peut même être vu comme un trait unificateur de l'approche One Health. » Les microbiomes deviennent ainsi des indicateurs pour informer les politiques publiques et mesurer leur impact, qu’il s’agisse de la réduction des intrants agricoles, du suivi des résistances aux antimicrobiens, de la santé des sols ou de limitation de la pollution.
Le World Microbiome Partnership
Initiative de recherche internationale fondée en 2023, le WMP réunit des acteurs de la recherche, de l’industrie et des politiques publiques autour des microbiomes, dans une approche One Health. Il vise à lever les freins scientifiques et réglementaires et à favoriser le développement d’applications (biomarqueurs, produits, interventions) pour la santé humaine, animale et environnementale. L’initiative est présidée par Joël Doré, directeur de recherche à INRAE. Emmanuelle Maguin, directrice de recherche à INRAE, en est la secrétaire générale. L’institut est impliqué dans le développement du WMP, notamment à travers son programme prioritaire international Microbiomes et santé planétaire, qui a contribué à structurer cette coopération scientifique.
PREZODE : la Banque mondiale rejoint l’initiative de prévention de l’émergence des maladies zoonotiques
La Banque mondiale a officiellement annoncé son soutien à l’initiative PREZODE, avec un engagement ciblé sur des projets en Afrique centrale et de l’Ouest. L'initiative enregistre par ailleurs une expansion significative : sept nouveaux États l'ont rejointe — Arménie, Chypre, Côte d'Ivoire, Indonésie, Kenya, Libye et Mauritanie —, tandis que sa base financière s'élargit avec l'entrée de la Banque islamique de développement. Sur le plan institutionnel, des accords-cadres ont été signés avec la Communauté économique et monétaire de l'Afrique centrale (CEMAC), la Communauté du Pacifique (CPS) et l'institution brésilienne Fiocruz, ancrant PREZODE dans les architectures sanitaires régionales de 3 continents.
Lancée lors du One Planet Summit de 2021 par le Cirad, INRAE et l’IRD, PREZODE compte aujourd'hui plus de 280 membres et observateurs autour de l’objectif commun de prévention de l’émergence des maladies zooniques. L’initiative fait désormais partie du Réseau mondial d’alerte et d’action en cas d’épidémie (GOARN).
Dotée d’une gouvernance internationale, elle s’appuie sur des groupes de travail réunissant 87 experts de 36 pays, ainsi que des espaces de travail communs avec l'OMS, la FAO et l'OMSA sur les indicateurs d'émergence des maladies, le retour sur investissement des approches One Health, et le dialogue État-science-société.
Dès l'origine de PREZODE, nous étions convaincus que seule une approche One Health fondée sur la science pouvait conduire aux changements nécessaires pour prévenir les pandémies futures. Cinq ans plus tard, nous sommes fiers du chemin parcouru : PREZODE a atteint une échelle mondiale, avec une gouvernance internationale impliquant 90 pays et l'engagement ministériel de 30 d'entre eux, travaillant à l'interface entre science et décision. L'initiative est reconnue internationalement, a développé des activités communes avec l'OMS, l'OMSA et la FAO, et contribue aux grandes négociations mondiales. Nous sommes reconnaissants envers tous les membres de PREZODE et déterminés à poursuivre son expansion dans les années à venir, au bénéfice de tous et de la planète. » — Élisabeth Claverie de Saint-Martin, Philippe Mauguin et Valérie Verdier, PDG respectifs du CIRAD, de l'INRAE et de l'IRD
« La question n’est pas de savoir s’il y aura une nouvelle pandémie, mais quand et où elle surviendra », rappelle Thierry Caquet. Plus de 30 nouveaux agents pathogènes humains ont en effet été identifiés au cours des trente dernières années, dont 75 % sont d'origine animale, Ebola, Nipah et la grippe aviaire et le Covid-19 parmi les plus documentés.
Ces émergences procèdent de dynamiques convergentes. A mesure que la déforestation, l’expansion agricole et l’urbanisation réduisent l’espace de la faune sauvage et que le dérèglement climatique redistribue les aires de répartition des espèces, les contacts entre faune sauvage, animaux d'élevage et êtres humains se multiplient, ouvrant la voie à des pathogènes jusqu'alors cantonnés à des écosystèmes éloignés. Environ 1,7 million de virus inconnus circulent actuellement dans la faune sauvage, et en l'absence de transformation profonde des stratégies de prévention, les pandémies qu'ils pourraient déclencher apparaîtront plus souvent, se propageront plus rapidement et tueront plus de personnes que le Covid-19, alertaient dès 2020 les experts de l'IPBES.
Thierry Caquet souligne toutefois une difficulté structurelle de l’action publique : « la prévention est par nature peu visible. Tant qu’aucune crise ne survient, elle peut apparaître comme un coût injustifié, mais lorsqu’une crise éclate, son absence devient évidente ». Le rapport de l’IPBES évaluait le coût économique des pandémies comme étant jusqu’à 100 fois supérieur à celui des politiques de prévention.
Sur le terrain, des systèmes de surveillance communautaire One Health sont déjà actifs grâce à PREZODE dans 16 pays à revenu faible ou intermédiaire, financés à 25 millions d'euros par l'AFD (programme PREACTS finançant 15 projets au total en Afrique, Asie et Amérique du Sud). 9 projets de recherche PEPR, représentant également 25 millions d'euros sont en cours, en France dont plusieurs dans les territoires français d'outre-mer et à l'international. PREZODE a par ailleurs joué un rôle actif dans les négociations de l'accord international sur les pandémies, portant des positions communes Nord-Sud, et a entrepris dans ce contexte un recensement mondial des dispositifs One Health dans les pays membres.
Ces deux initiatives s’inscrivent dans une même vision One Health, aujourd’hui structurante pour INRAE, et traduisent un changement d’échelle dans la manière d’aborder ces enjeux. Leur dimension internationale permet « de réunir des communautés scientifiques autour de référentiels communs, d’ouvrir de nouvelles questions de recherche, et faire émerger des projets qu’aucune institution ne pourrait porter seule », comme l’analyse Thierry Caquet. Elles inscrivent aussi la recherche dans des dispositifs orientés vers l’action et les politiques publiques. « Nous ne faisons pas du One Health pour le principe. Nous le faisons parce qu'il y a des communautés humaines concernées ». De la prévention rendue visible, mesurable, et gouvernable.