Alimentation, santé globale Temps de lecture 5 min
Faire du microbiome un levier mondial de santé globale
Le 20 juin 2025, l’Académie nationale de médecine a accueilli à Paris le One Health World Microbiome Partnership Summit, sous le haut patronage du président de la République. Co-organisé par INRAE et ses partenaires internationaux, ce sommet s’inscrit dans le cadre du World Microbiome Partnership (WMP), avec pour objectif de formuler une feuille de route commune permettant d’intégrer les microbiomes dans les politiques durables de santé publique et animale, d’agriculture, d’environnement et de climat, dans une approche One Health.
Publié le 27 juin 2025
Longtemps perçus comme des menaces, les microbiomes sont désormais considérés comme des acteurs essentiels du vivant. Le microbiote intestinal, en particulier, joue un rôle déterminant dans la digestion, l’immunité et le métabolisme. Son déséquilibre accroît le risque de pathologies chroniques comme le diabète, l’obésité ou les maladies inflammatoires. Présents également dans tous les environnement (écosystèmes naturels, sols, plantes animaux), ces microorganismes contribuent aux équilibres écologiques fondamentaux : fertilité des terres, résilience et santé des écosystèmes, régulation du climat, entretien de la biodiversité. Une telle interdépendance appelle une vision intégrée de la santé, selon le concept One Health promu par l’OMS, la FAO, la WOAH et le PNUE.
Dans ce contexte, le sommet du 20 juin a été conçu comme une étape fondatrice pour inscrire le microbiome parmi les priorités mondiales, au croisement des politiques sanitaires, agricoles et environnementales, illustrant une dynamique nouvelle. Comme l’a rappelé Emmanuelle Soubeyran, directrice générale de l’Organisation mondiale de la santé animale (WOAH), « le rôle des microbes dans l’approche One Health commence seulement à être compris : nous sommes aux prémices d’un vaste champ de recherche », soulignant par ailleurs le potentiel du World Microbiome Partnership pour structurer cette dynamique, en tant que plateforme de collaboration entre le monde universitaire, l’industrie, les décideurs politiques et la société.
Dossier Ressources
Le microbiote, de découvertes en découvertesLes découvertes récentes sur le rôle du microbiote intestinal marquent un tournant dans notre compréhension de la santé. En révélant ses liens avec de nombreuses pathologies, les chercheurs ouvrent la voie à une transformation profonde des pratiques médicales. Ce dossier de notre revue Ressources revient sur les avancées qui ont rendu cette révolution possible.
La France s’engage pleinement dans cette voie, en lien avec la communauté scientifique internationale. « INRAE s’affirme comme l’un des moteurs de cette transition », a déclaré Philippe Mauguin, président-directeur général de l’institut. « Notre mission est de contribuer à bâtir une science One Health à la hauteur des défis contemporains, en partenariat avec les grands instituts mondiaux, dans un esprit de science ouverte, de gouvernance éclairée et de politiques fondées sur les preuves. » INRAE est notamment engagé dans plusieurs initiatives multilatérales, telles que PREZODE, le World Microbiome Partnership, ou le One Health Summit, convoqué par le président de la République le 3 novembre prochain.
« Notre mission est de contribuer à bâtir une science One Health à la hauteur des défis contemporains », Philippe Mauguin, PDG d'INRAE
Dans le même esprit, Yasmine Belkaid, directrice de l’Institut Pasteur, a réaffirmé l’engagement de son institut à promouvoir « une approche écologique de la microbiologie, pour comprendre comment les évolutions de l’environnement, de l’alimentation et des modes de vie influencent les communautés microbiennes et la santé globale ».
Des figures internationales de la recherche ont présenté les apports du microbiome face aux grands défis globaux : santé publique, systèmes alimentaires, environnement. À cette occasion, le directeur général de l’INSERM Didier Samuel a mis en avant le rôle du microbiome comme « l’un des moteurs de la médecine personnalisée ».
Sept groupes de travail thématiques ont réuni ces spécialistes, dont les échanges ont permis d’identifier des besoins concrets, de renforcer la coordination scientifique et de poser les bases de futures coopérations internationales.
- À titre d’exemple, un groupe de travail sur les « données FAIR » propose d’établir une base commune, afin de comparer les éléments bio-informatiques relevant des microbiomes océaniques.
- Un groupe dédié aux questions réglementaires suggère, quant à lui, le développement d'une plateforme d'information partagée destinée à accompagner les autorités dans l’évaluation et la supervision des innovations liées au microbiome.
En raison de son potentiel d’innovation majeur pour la santé, l’agriculture et l’environnement, le microbiome suscite un intérêt stratégique croissant, tant dans les cercles scientifiques qu'institutionnels. Depuis plusieurs années, INRAE mène des recherches de pointe sur les interactions entre microbiotes, santé humaine, systèmes alimentaires et écosystèmes - une dynamique qui s’appuie sur plusieurs programmes structurants à l’échelle nationale et européenne, tels que le PEPR SAMS, ainsi que sur des projets emblématiques comme MetaGenoPolis, Ferments du Futur ou The French Gut.
Les Programmes prioritaires internationaux (PPI) constituent l’un des piliers de cette stratégie. Le PPI Microbiomes et santé planétaire, lancé en 2022, a permis à INRAE de co-piloter deux initiatives majeures : le European Microbiome Centres Consortium et le World Microbiome Partnership.
Une déclaration fondatrice
« Nous sommes à un moment charnière pour construire ensemble l’avenir du microbiome. Le World Microbiome Partnership a vocation à devenir l’un des instruments clés de cette ambition collective », a déclaré Philippe Mauguin. Une ambition qui suppose aussi un effort de pédagogie et de structuration : « Il est essentiel que le grand public comprenne ce qu’est un microbiome. Nous devons définir des stratégies claires pour dialoguer avec les décideurs politiques, et bâtir des bases de données capables d’appuyer ce processus », complète Thanawat Tiensin, directeur général adjoint de la FAO.
Le sommet s’est conclu par l’adoption d’une déclaration commune réaffirmant leur rôle stratégique, à l’approche de la journée mondiale du microbiome du 27 juin. Elle appelle à leur reconnaissance comme composante essentielle de l’approche One Health, face aux risques émergents : maladies non transmissibles, instabilité des systèmes alimentaires, changement climatique.
Quatre priorités structurent cette feuille de route collective :
- Intégrer les microbiomes dans les politiques One Health, en lien avec les cadres internationaux et les recommandations fondées sur la science.
- Accélérer l’innovation, via des recherches collaboratives, l’harmonisation des cadres réglementaires et la standardisation des données.
- Renforcer les partenariats mondiaux, avec un souci d’équité, notamment vis-à-vis des pays du Sud.
- Élever la culture scientifique sur le microbiome, par la formation, la vulgarisation et l’intégration dans les cursus en santé et environnement.