Changement climatique et risques Temps de lecture 5 min
Détection d’un nouvel Orthobunyavirus responsable de syndrome fébrile, abattement, perte de production et diarrhées chez les vaches
Dans de très nombreux élevages laitiers en France et dans d’autres pays européens, on observe depuis le début de l’été des épisodes de diarrhées aiguës associées à un syndrome plus large et peut-être des troubles de la reproduction. Grâce à des analyses métagénomiques réalisées par une équipe ENVT-INRAE, la présence d’un nouvel Orthobunyavirus de type Shamonda, jusqu’ici inconnu, a été mise en évidence. La gravité de ce virus est faible actuellement mais pourrait devenir significative économiquement dans les prochains mois, pour des vaches infectées et en cours de gestation.
Publié le 22 août 2026
Ce qu’il faut retenir :
- Depuis quelques semaines, on observe dans de nombreux élevages bovins en France des épisodes associant diarrhées, fièvre aiguë, abattement et baisse de production.
- Une équipe ENVT-INRAE a analysé des selles, plasmas et avortons d’animaux présentant ces symptômes en phase aigüe et mis en évidence par analyse métagénomique un virus nouveau de type Shamonda (groupe des Orthobunyavirus).
- Un test de détection de ce nouveau virus a été mis au point.
- L’expansion du virus est rapide, en France et en Europe, et il pourrait causer des troubles de la reproduction, notamment des avortements. Cela doit attirer l’attention des éleveurs et vétérinaires.
Au cours de ce début d’été caniculaire, plusieurs cas de vaches présentant des diarrhées aiguës ont été observés dans des élevage de l’Est de la France, en particulier le Doubs, l’Ain et les deux Savoie. Les premières investigations ont porté sur les températures très élevées et les perturbations nutritionnelles et métaboliques qu’elles pourraient occasionner chez les animaux. Une 2e hypothèse a étudié en parallèle la possibilité d’entérite virale ou de syndrome fébrile mais les tests ciblés réalisés par les laboratoires départementaux sont restés négatifs, ne permettant donc pas de valider cette hypothèse.
Les remontées terrain ont montré ensuite que les diarrhées aiguës étaient en fait associées à un syndrome plus large impliquant fièvre, abattement et perte de production. Depuis, les cas se sont multipliés et touché ensuite la Suisse, l’Allemagne… et d’autres régions françaises comme la Normandie. Les laboratoires départementaux ont saisi l’ENVT dès la fin juillet en envoyant des échantillons (plasma et selles) prélevés sur des vaches infectées.
L’émergence d’un nouveau virus
L’ENVT a alors mis en œuvre une analyse métagénomique. Le principe est que tous les fragments d’ADN et d’ARN présents dans les échantillons sont analysés et séquencés. Les résultats d’analyses sont ensuite rapportés aux bases de données existantes recensant toutes les séquences connues de champignons, virus et bactéries pour voir ce à quoi les séquences analysées s’apparentent le plus.
L’analyse bioinformatique a révélé des séquences d’Orthobunyavirus, proches des virus de Schallenberg, Shamonda et Akabane, virus qui infectent les ruminants et sont transmis principalement par des moucherons du genre Culicoides. Chez les bovins adultes, ils peuvent provoquer un syndrome aigu, mais généralement transitoire, avec fièvre, abattement et baisse de production. L’impact principal pourrait concerner les vaches infectées pendant leur gestation, susceptibles d’avorter ou d’avoir des veaux malformés.
La rapidité de cette émergence apparaît liée aux conditions climatiques favorables aux insectes vecteurs.
Quelles solutions pour les vétérinaires et les éleveurs ?
- Un test moléculaire de type PCR, spécifique de ce nouveau virus, a été tout d'abord développé par l'unité IHAP (INRAE-ENVT). Il a permis d'assurer en urgence les analyses sur les premières suspicions : plusieurs centaines de prélèvements, en provenance de la France entière, ont ainsi été traités au laboratoire, en lien avec le réseau des laboratoires publics (ADILVA).
En parallèle, avec l'appui des chercheurs, les principales entreprises françaises du diagnostic vétérinaire ont développé très rapidement des kits PCR commerciaux qui ont pu être mis à disposition des laboratoires publics en seulement 2 semaines après la découverte du virus. - L’émergence de ce virus a pu être détectée très rapidement grâce à la collaboration étroite entre vétérinaires praticiens, laboratoires départementaux, équipes de recherche, plateformes de diagnostic et services et agences de l’État. Cette mobilisation collective permettra de mieux caractériser l’épisode en cours, de suivre son extension, d’évaluer les conséquences sanitaires et proposer au plus vite des solutions pour maîtriser ce nouveau virus.
Que sont les Orthobunyavirus ?
Ce sont des virus enveloppés dont le génome est divisé en 3 segments : S, M et L. Ils sont à l’origine de nombreuses maladies dans le monde, en particulier les Orthobunyavirus de sérotype Shimbu, transmis par des moucherons Culicoides. Certains causent des infections chez les bovins, d’autres chez les humains comme les virus Oropouche impliqués dans des fièvres aiguës et les virus Shuni impliqués dans des troubles neurologiques. Pour le nouveau virus de type Shamonda dont il est question ici, l’hypothèse d’un réassortiment de ces 3 segments ayant conduit à un nouveau virus est en cours d’exploration. À ce stade, rien n’indique qu’il puisse infecter l’humain.
L’équipe ENVT INRAE est la première dans le monde à publier la détection de ce nouveau virus. Les résultats sont publiés le 20 août 2026 dans Eurosurveillance. DOI : https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2026.31.33.2600689
Ces travaux ont été financés dans le cadre du PEPR Élevages durables, programme lancé en 2026.