De Rome à Sophia Antipolis : le parcours de Silvia Bottini, bioinformaticienne en santé des plantes

Physicienne de formation, biologiste de passion

Silvia Bottini suit des études de physique à l'Université de Rome « La Sapienza », portée en même temps par une passion pour la biologie. « J'ai tout de suite viré vers un parcours de biophysique », raconte-t-elle. Mais la discipline reste trop marquée par les mathématiques, presque trop éloignée du vivant à son goût. Un cours de spécialisation en bioinformatique à l'Université de Sienne change tout. « Je trouvais que c'était vraiment ce que je recherchais : cela m'a apporté un moyen de modéliser la biologie ». Elle boucle deux années de Master en une seule. Pour son stage de fin d'études, elle rejoint un laboratoire de biologie structurale et étudie les propriétés fractales de la structure des protéines. C'est là, dit-elle, qu'elle « tombe vraiment passionnée » par le métier de chercheuse, et qu'elle décide de poursuivre en thèse.

Le déclic d'une thèse menée sur une bactérie qui remonte au cerveau

Sa thèse, menée dans les laboratoires de biologie structurale de l'Université de Sienne avec l'entreprise pharmaceutique Novartis, la plonge dans le développement du vaccin contre la méningite B. Elle cherche à comprendre comment une bactérie, ordinairement inoffensive dans le nez, parvient à atteindre le cerveau et à provoquer la maladie. Faute d'outils existants, elle en développe elle-même, pour analyser les données et modéliser l'adaptation de la bactérie à son environnement. Cette immersion chez Novartis lui donne un aperçu de la recherche industrielle, qui la convainc, à l'issue de sa thèse, de retourner plutôt vers la recherche académique, où elle trouve davantage de liberté pour mener ses projets.

De l'humain aux plantes

Elle entame alors un postdoc de quatre ans au Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire à Nice, sur les mécanismes de régulation des gènes humains. Au terme de ces quatre années, elle doute à nouveau de vouloir poursuivre dans la recherche académique et explore d'autres pistes, dont un postdoc à Paris. Elle choisit finalement la direction opérationnelle du Medical Data Laboratory à l'Université Nice Côte d'Azur. C'est là qu'elle collabore avec Étienne Danchin, chercheur à INRAE Sophia Antipolis, qui l'informe qu'une chaire de professeur junior (CPJ) s'ouvre sur la réponse des plantes aux stress biotiques. Elle hésite d'abord, ne connaissant pas grand-chose aux plantes, puis se décide, avec peu de temps pour préparer le dossier. Elle découvre alors qu'il existe « autant de complexité avec des petites bestioles que chez l'humain ». La chaire lui est attribuée en septembre 2023.

Directrice de recherche à INRAE, à la tête de l'équipe SMILE

Pendant trois ans, un comité scientifique suit régulièrement ses travaux de CPJ. Au terme de ce suivi, la commission émet un avis favorable et propose sa titularisation à la direction générale d'INRAE, effective au 1er septembre 2026. Silvia Bottini devient directrice de recherche à INRAE. Entre-temps, elle a monté sa propre équipe, baptisée SMILE, au sein de l'Institut Sophia Agrobiotech. 
Son projet de recherche part d'un constat simple : contrairement aux animaux, une plante ne peut pas fuir. Elle doit donc faire face, sur place, à tout ce qui lui arrive (un champignon pathogène, une sécheresse, un insecte ravageur…) souvent en même temps ou à quelques jours d'intervalle. Or la recherche a longtemps étudié ces agressions une par une, en laboratoire, dans des conditions contrôlées où l'on infecte une plante avec un seul pathogène à la fois. « Ce n'est pas la vraie vie », résume la chercheuse. Son équipe SMILE tente justement de recoller les morceaux. A partir de données produites séparément pour chaque stress, elle construit des modèles capables de dire quelles molécules la plante mobilise face à une attaque donnée, et lesquelles interviennent quel que soit le type d'agression. L'objectif à terme est de simuler comment une même plante réagirait à un « cocktail » de menaces plutôt qu'à une seule à la fois.

Une plume qui n'a jamais quitté la chercheuse

Avant la science, Silvia Bottini rêvait de journalisme. Enfant, elle écrivait des poèmes et des histoires. « Écrire, ça a toujours été ma passion », confie-t-elle. Devenue chercheuse, elle retrouve ce plaisir dans la rédaction de projets et d'articles scientifiques, une tâche qu'elle ne redoute jamais, bien au contraire. Deux passions réunies dans un seul et même métier, dit-elle, c'est « génial ».