FishmiRNA : une base de données internationale pour recenser et étudier les microARN de poisson
FishmiRNA propose une caractérisation systématique et une annotation des miARN basée sur l’histoire évolutive des gènes dont ils sont issus, ainsi que des données d’expression dans différents tissus facilement consultables via une interface web.
Publié le 13 janvier 2022
Les microARN (miARN) sont des ARN non codant de petite taille (environ 22 nucléotides) connus pour être des régulateurs fins de l’expression des gènes. Malgré le fort intérêt qu’ils suscitent, il n’existe à ce jour aucune base de données recensant les miARN de poisson de façon exhaustive.
FishmiRNA vient combler ce manque en proposant une caractérisation systématique et une annotation des miARN basée sur l’histoire évolutive des gènes dont ils sont issus, ainsi que des données d’expression dans différents tissus facilement consultables via une interface web. FishmiRNA contient actuellement les répertoires annotés et des données d’expression pour une dizaine d’espèces de poissons dont des espèces modèles et des espèces d’intérêt patrimonial ou agronomique.
Cette base de données libre d’accès et répondant aux principes de l’open science qui a été développée par des équipes d’INRAE (Rennes et Toulouse) et de l’université de l’Oregon (USA) sera mise à jour régulièrement pour y incorporer de nouvelles espèces afin de bénéficier à l’ensemble de la communauté internationale.
Desvignes T., Bardou P., Monfort J., Sydes J., Guyomar C., George S., Postlethwait JH., Bobe J. FishmiRNA: An evolutionarily supported microRNA annotation and expression database for ray-finned fishes. Molecular Biology and Evolution (2022), https://doi.org/10.1093/molbev/msac004