Découverte d’une signature virale de la maladie de Crohn

La maladie de Crohn est une maladie inflammatoire chronique de l’intestin qui touche 0,4 % de la population en Europe. Son origine est multifactorielle, avec une composante génétique et environnementale, où le microbiote intestinal joue un rôle clé. L’altération de la fraction bactérienne du microbiote liée à la maladie étant connue, une piste de recherche a consisté à analyser les bactériophages du compartiment intestinal. Cependant, la recherche d’une signature de la maladie via l’étude globale des virus – le virome – s’est avérée complexe. Le virome intestinal est en effet d’une telle diversité que 2 personnes ont rarement des espèces en commun, rendant la comparaison des communautés virales impossible.

Dans ce contexte, des scientifiques d’INRAE, de Sorbonne Université et de l’AP-HP se sont intéressés au virome sanguin. Son existence n’a jamais été véritablement prouvée, le sang ayant longtemps été considéré comme stérile. Chez les patients atteints de la maladie de Crohn, l’altération de la paroi intestinale la rend très perméable, ce qui pourrait modifier la présence des virus dans le sang, d’où le choix de s’intéresser à ce compartiment.

Le virome sanguin existe

L’équipe de recherche a analysé les échantillons sanguins provenant de 15 patients atteints de la maladie de Crohn et 14 sujets sains. Premier résultat majeur : il existe bien un virome sanguin, même chez les sujets sains. Il est de petite taille dans les échantillons des 2 groupes (environ 100 000 virus par mL de plasma), en comparaison aux chiffres connus pour le virome intestinal (de l'ordre du milliard de virus par gramme de fèces). Les bactériophages sont les composants majoritaires du virome des 2 groupes, avec environ 150 espèces différentes en moyenne par individu, les virus humains étant quant à eux très minoritaires (ce sont des anellovirus, un genre de virus non pathogène).

C’est au niveau du type d’espèces de bactériophages présents que des différences ont été observées entre les échantillons des sujets sains et des patients atteints de la maladie de Crohn. Alors qu’un certain nombre de bactériophages infectant les bactéries du genre Acinetobacter[1] sont observés chez les sujets sains, ceux-ci sont quasiment absents chez les patients malades. Et à l’inverse, toute une palette de phages infectant des espèces typiques de l’intestin sont trouvées uniquement dans le sang des patients. Cela pourrait être lié à un passage de certains virus depuis le microbiote intestinal, dû à la perméabilité intestinale causée par la maladie.

Ces résultats prouvent l’existence chez tous les individus d’un virome sanguin, et permettent de dégager une signature de la maladie.

Ils ouvrent la voie à de nouvelles perspectives de recherche, que ce soit au niveau de l’étude du passage de la barrière intestinale par les bactériophages, l’analyse d’échantillons de sang avec une cohorte plus large de patients en fonction de l’état de la maladie ou des travaux pour expliquer la présence de virus dans le sang malgré le travail du système immunitaire.