Alimentation, santé globale Temps de lecture 2 min
Vers une nouvelle façon de décrire les communautés microbiennes
BRÈVE - Un collectif d'expert, participant au projet projet Européen DOMINO, propose de remplacer le terme communauté synthétique ("synthetic community "ou SynCom), parfois perçu négativement, par les termes "communauté microbienne définie" (Defined Microbial Community).
Publié le 02 juillet 2026
Dans le cadre du projet Européen DOMINO, un groupe international de chercheurs, s'est penché sur la terminologie utilisée pour décrire certaines communautés microbiennes assemblées in vitro, dans l'objectif d'améliorer leurs effets.
Ces communautés "synthétiques" (SynComs) sont donc des assemblages d’organismes microscopiques cultivés en laboratoire pour étudier les interactions entre microbes et hôtes (plantes, animaux ou humains). Elles sont aussi utilisées pour développer des solutions concrètes telles que des engrais microbiaux, des ferments, des probiotiques ou des biopesticides.
Ce collectif d'experts internationaux propose de remplacer le terme communauté synthétique ("synthetic community "ou SynCom), parfois perçu négativement, par les termes "communauté microbienne définie" (Defined Microbial Community).
L’usage du mot « synthétique » peut prêter à confusion. Il peut associer la notion de communauté synthétique à la biologie synthétique et à la manipulation génétique, alors que la plupart de ces communautés sont composées de souches naturellement présentes dans l'environnement et non modifiées génétiquement.
En adoptant une terminologie plus neutre et plus précise, les scientifiques espèrent faciliter la compréhension du public et renforcer la confiance dans les produits utilisant ces communautés microbiennes.
Le changement de terminologie permettrait aussi une harmonisation des pratiques de communication entre les différents champs : agriculture, santé, alimentation, environnement.
Enfin, il serait possible d'entrevoir une simplification des démarches réglementaires, notamment en Europe où la législation pour les « consortia (communauté) de micro‑organismes » (réglementation 2019/1009) accepte déjà les assemblages définis.
Des études récentes montrent déjà que ces communautés bien caractérisées peuvent accroître la résilience des cultures face à différents stress (sécheresse, pathogènes) et participer à l'amélioration de la santé humaine. Il existe déjà des tests sur des consortiums de bactéries intestinales utilisés comme alternatives aux probiotiques traditionnels.
Ainsi, passer de la terminologie communautés "synthétique "à communauté microbienne définie pourrait accélérer le développement de solutions microbiologiques durables, tout en évitant les préjugés liés au mot « synthétique ».
Ces réflexions ont fait l'objet d'une publication dans un Opinion paper paru le : 08 juin 2026, sous le titre : From “synthetic” to defined microbial communities for clearer terminology, dans le journal Nature communications. DOI : 10.1038/s41467-026-74251-1
"DOMINO" est un projet de recherche financé par Horizon Europe qui vise à mettre en évidence les bienfaits pour la santé des aliments fermentés traditionnels et à développer de nouveaux aliments fermentés d’origine végétale répondant aux nouvelles attentes de la société en matière d’alimentation plus saine et plus durable.
Stéphane Chaillou, Directeur de Recherche INRAE à l'institut Micalis, est coordinateur du projet Européen DOMINO.
D'une durée de cinq ans (2023-2028), ce projet rassemble 18 partenaires issus de 10 pays, dans le cadre d'une collaboration entre des universités et des centres de recherche de premier plan, ainsi que des organisations spécialisées à but non lucratif et le secteur privé.
Ce projet a bénéficié d'un financement du programme de recherche et d'innovation «Horizon Europe» de l'Union européenne au titre de la convention de subvention n° 101060218.