Microbiote, un monde de microorganismes

Depuis notre naissance, nous vivons en symbiose, dans une relation gagnant/gagnant, avec les microbes qui vivent dans notre corps. Rien que dans l’intestin, nous hébergeons autant de bactéries que ce que notre corps compte de cellules ! Le bon fonctionnement de cette symbiose est un capital santé qu’il nous appartient d’entretenir. Ce monde invisible est de mieux en mieux connu.

Le microbiote intestinal humain, un « moi » augmenté par des microorganismes

Les micro-organismes constituent les organismes les plus abondants, les plus divers et les plus essentiels au fonctionnement biologiques des individus comme des écosystèmes. Ces microorganismes vivent principalement sous forme de communautés complexes nommées microbiotes, entretenant avec leur hôte une relation à bénéfices mutuels ou symbiose pour atteindre un état d’équilibre. 

MICROBIOTE
Ensemble des micro-organismes vivants en communauté complexe, constituée principalement de bactéries mais aussi d’archées, de champignons et de virus. Ils sont, par exemple, présents sur et dans notre corps où ils constituent le microbiote humain. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal.

Depuis notre naissance, nous vivons en symbiose avec notre microbiote intestinal : un monde qui représente, à lui tout seul, près de 50 000 milliards de bactéries soit environ 1 kg par individu ! 

La relation que nous avons avec notre microbiote intestinal est essentielle pour nous garder en bonne santé. Par exemple, ces microorganismes :

  • se nourrissent de nutriments que nous ne pouvons pas assimiler ;
  • nous protègent contre les microorganismes de l’environnement ;
  • stimulent en permanence nos défenses naturelles immunitaires ;
  • interagissent avec nos cellules et tissus humains, au niveau local avec la paroi intestinale mais aussi à distance avec le foie ou même le cerveau, en produisant notamment des petites molécules. 

LE SAVIEZ VOUS ?
La découverte de ce monde invisible autrefois qualifié de « flore intestinale » a constitué un défi et une aventure scientifique. Sa mise en évidence et sa caractérisation ont bénéficié des travaux des scientifiques INRAE sur le microbiote du rumen de la vache. Aujourd’hui les équipes INRAE sont leader en matière de microbiote intestinal humain.

A vous de jouer ! Testez vos connaissances sur le microbiote 

 
 

Prendre soin de son microbiote

Si notre microbiote se construit dans les premières années de la vie, il reste ensuite influencé par notre alimentation et notre mode de vie. En effet, ce que nous mangeons impacte notre microbiote intestinal : plus notre alimentation est variée et « saine », plus notre microbiote est diversifié et capable de nous protéger des bactéries pathogènes, des infections virales et autres maladies. Certaines habitudes au quotidien comme la pratique d’une activité physique régulière, adaptée à ses capacités, et un bon usage des antibiotiques (à réserver aux cas où ils sont l’unique solution car ils éliminent à la fois « bonnes » et « mauvaises » bactéries) préservent également notre microbiote.

Que mettre dans son assiette pour prendre soin de son microbiote ?

 > Des fibres !
Présentes dans les céréales, les légumineuses, les fruits et légumes, les fibres que nous consommons vont nourrir et favoriser la présence dans notre microbiote de bactéries bénéfiques à notre santé. Les scientifiques montrent qu’une consommation variée et quotidienne de fibres est corrélée à une plus grande richesse et une plus grande diversité de microorgnismes dans le microbiote intestinal, diversité elle-même corrélée à un rôle protecteur sur notre santé.

> Des probiotiques et des aliments fermentés
Les probiotiques, littéralement « pour la vie », sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont consommés en quantité adéquate, protègent notre intestin. En effet, ces « bonnes bactéries » vont venir soutenir notre microbiote intestinal. Ils sont présents dans de nombreux aliments et produits fermentés comme les yaourts, certains fromages, ou encore le tempeh (graines de soja fermentées).

> La glutamine (un acide aminé, apporté par les aliments riches en protéines) nourrit la paroi intestinale. Quant aux acides gras oméga-3 ou aux polyphénols des fruits et légumes, ils ont des propriétés antioxydantes en anti-inflammatoires protectrices pour notre microbiote intestinal.

> Une alimentation équilibrée et diversifiée, pour "nourrir" la diversité des micro-organismes du microbiote instinal.

VERS UNE ALIMENTATION PERSONNALISEE  ?

Les scientifiques travaillent sur le développement d’une nutrition personnalisée, pour favoriser une composition du microbiote la plus positive pour la santé et le bien-être de chaque personne. Cette démarche prend en compte les caractéristiques du microbiote intestinal de l’individu au départ, voire sa génétique, et les facteurs environnementaux.

Mode de vie et microbiote

Avez-vous remarqué que nos intestins étaient capricieux lorsque nous étions stressés ? En effet le stress impacte fortement la perméabilité de nos intestins entrainant un risque d’inflammation et ainsi une altération du microbiote. Méditation et sport sont donc de bon alliés de notre microbiote ! Quant au tabac et à l’alcool, ils lui seraient plutôt néfastes…

 

SAVE THE DATE

Vous avez des questions sur le microbiote et la métagénomique : nos scientifiques y répondent !  
Webinaire le vendredi 9 juillet 2021 de 11h30 à 12h15. 

Infos et inscriptions

Existe-t-il des microbiotes chez d’autres organismes ?

Oui, à l’instar des hommes et des animaux, les plantes ont elles aussi plusieurs microbiotes ! Ces communautés de microorganismes sont spécifiques aux différents environnements internes et externes de la plante : racine, tige/tronc, feuille, fleur et graine. Ces organismes en interaction constitue le microbiome végétal.

MICROBIOME
C’est l’endroit de vie d’un microbiote, il est caractérisé par les conditions d’ « habitabilité » de son milieu pour les microorganismes (température, pH, exposition aux UV, absence de lumière, type de muqueuse, etc.). Il peut s’étaler sur toute la surface d’un animal ou d’un végétal, s’installer uniquement au sein d’un organe précis (intestin, racine) ou simplement être présent dans le sol, l’eau ou l’air.

Des microbiotes végétaux de mieux en mieux connus

C’est le bactériologiste allemand Lorenz Hiltner qui a démontré, dès 1904, la capacité de certaines plantes à interagir avec des bactéries du sol par leurs racines (rhizosphère). L’avènement des nouvelles technologies de séquençage dit « à haut débit », dans les années 2000, capables de décrypter exhaustivement les génomes présents dans un habitat, permet désormais aux scientifiques de mieux comprendre la structure et le fonctionnement des interactions plantes – microbiotes, et de considérer la plante comme un écosystème à part entière, on parle d'holobionte. 

Les travaux INRAE s’intéressent à de nombreux microbiotes de plantes ou de l’environnement. Notamment de par leurs fonctions, ces communautés de microorganismes jouent un rôle dans la santé et la performance des cultures. Les mécanismes sont encore en cours de caractérisation. Ces connaissances pourront être à la source d’innovations par exemple dans le domaine de la protection des plantes en complément des produits phytosanitaire, on parle de biocontrôle.

Microbiote et santé des plantes

Le projet DEEP IMPACT, piloté par Christophe Mougel (INRAE), vise par exemple, à identifier et valider des consortia de microorganismes favorables à la santé des plantes ou à la performance des cultures. Ce sont de potentiels leviers pour des stratégies de biocontrôle à construire.   

Ce qu’on sait sur les fonctions du microbiote des plantes, sans encore comprendre comment ça marche 

  • Sur certains sols, les plantes, même sensibles, résistent aux maladies.
    La présence d’une certaines populations microbiennes aux niveaux des racines entraîne une compétition avec d’autres organismes pathogènes, rendant ainsi le sol plus résistant aux maladies, on parle de suppressivité des sols.
  • Les pratiques culturales (labour, rotation, culture associée, ajout d’engrais organiques) peuvent favoriser la présence de certains microorganismes bénéfiques ou pathogènes pour les plantes.

La diversification des cultures est associée à une augmentation de la diversité des microbiotes du sol et à une intensification des interactions pouvant réduire le développement  de certaines maladies.

L'info en plus !
On retrouve aussi des microbiotes spécifiques aux sols dit microbiotes telluriques. On estime ainsi qu’une poignée de sol contient 100 milliards de bactéries et 500 km de filaments de champignon. 

Rédactrices : Anne-Sophie Alvarez, Sarah-Louise Filleux, Catherine Foucaud-Scheunemann, Nicole Ladet, Elodie Regnier

Contacts scientifiques :
> Joël Doré, directeur de recherche INRAE - Institut Microbiologie de l'alimentation au service de la santé et directeur scientifique de Metagenopolis , spécialiste du microbiote intestinal - Découvrir son portrait.
Christophe Mougel, directeur de recherche INRAE, - Institut de Génétique environnement et protection des plantes.

Page réalisée en collaboration avec l'unité MetaGenoPolis.