Antibiorésistance : ce que révèlent les sols agricoles

L’antibiorésistance est aujourd’hui identifiée comme l’un des grands défis de santé publique à l’échelle mondiale. Si les principales voies d’entrée des antibiotiques et des gènes de résistance dans l’environnement, notamment leur usage en médecine humaine et vétérinaire ou le retour au sol de produits résiduaires organiques, sont aujourd’hui bien identifiées, les processus qui gouvernent leur devenir et leur dissémination dans les sols restent encore mal compris.

Le sol, carrefour discret de la résistance

Dans une approche dite « One Health », qui relie santé humaine, animale et environnementale, les scientifiques s’intéressent désormais aux sols agricoles. Les fertilisants d’origine animale, comme les fumiers, peuvent en effet contenir des résidus d’antibiotiques, mais aussi des bactéries résistantes et des gènes de résistance. Une fois épandus, ces éléments peuvent s’introduire dans les sols, s’y maintenir, voire se diffuser vers les écosystèmes et la chaîne alimentaire. Mais que deviennent-ils réellement après épandage ? C’est toute la question posée par le projet ATBR-SOL, mené par INRAE et ses partenaires du Centre de recherche sur la biodiversité et l'environnement (CRBE)  et de l'unité Innovations thérapeutiques et résistances (INTHERES).

Des interactions invisibles mais déterminantes

Au cœur du projet : identifier les mécanismes qui favorisent ou freinent la propagation de l’antibiorésistance. Trois facteurs sont étudiés : la matière organique elle-même, les résidus d’antibiotiques et les communautés microbiennes apportées. Deux grands processus sont explorés : d’un côté, la « coalescence » des communautés microbiennes, c’est-à-dire la rencontre et l’interaction entre les micro-organismes du fumier et ceux du sol ; de l’autre, les transferts horizontaux de gènes, par lesquels des bactéries peuvent échanger des gènes de résistance. Ces phénomènes, invisibles à l’œil nu, jouent pourtant un rôle clé dans la dynamique de l’antibiorésistance.

Le rôle inattendu de la biodiversité des sols

Autre piste majeure : l’influence de la biodiversité du sol. Bactéries, champignons, mais aussi vers de terre pourraient atténuer… ou au contraire amplifier la diffusion de la résistance. Les premiers résultats montrent déjà que certains résidus d’antibiotiques, comme l’oxytétracycline, modifient le comportement des vers de terre, notamment leur activité de bioturbation. Or, ces organismes sont essentiels à la structuration des sols et à leur bon fonctionnement biologique. Ces perturbations pourraient donc avoir des effets en cascade sur les communautés microbiennes et la circulation des gènes de résistance.

Un enjeu bien au-delà des parcelles agricoles

Grâce à des expérimentations en conditions contrôlées et à des outils de biologie moléculaire de pointe, les chercheurs suivent au plus près l’évolution des gènes de résistance et des communautés microbiennes dans les sols. À terme, le projet ATBR-SOL vise à identifier les combinaisons de facteurs qui limitent – ou favorisent – la propagation de l’antibiorésistance après épandage. Ces connaissances permettront de fournir des bases scientifiques pour adapter les pratiques agricoles et mieux encadrer l’usage des fertilisants organiques.

Car derrière ces recherches se dessine un enjeu majeur : contenir une menace qui dépasse largement le champ agricole. En révélant le rôle des sols dans la circulation de l’antibiorésistance, ATBR-SOL rappelle que la lutte contre ce phénomène passe aussi par une meilleure compréhension des équilibres écologiques. Une manière de replacer le sol, souvent invisible, au cœur des enjeux de santé globale.