Science ouverte : de nouvelles ressources stratégiques pour l’étude des interactions plante-puceron

Les données décrivant les interactions entre les ravageurs et les plantes cultivées constituent des ressources stratégiques pour l'agriculture de demain. Elles permettraient notamment de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation des insectes, d'améliorer la résistance des variétés et de développer des stratégies de protection durable.

Une percée dans le décryptage - et la diversité - génétique du ravageur 

Cette première publication a permis de rendre public un jeu de données rassemblant des informations sur 16 016 individus collectés dans 17 pays sur tous les continents. Ces travaux offrent une vue d'ensemble sur la structure génétique mondiale du complexe d'espèces Aphis gossypii / Aphis frangulae et ses dynamiques évolutives. Pour chaque individu, les données primaires collectées sont le pays avec la position GPS, la date, le morphe, la plante hôte ou le piège. Pour chaque puceron collecté, le deuxième type de données consiste en la composition allélique au niveau de 8 microsatellites et son nom de génotype multilocus (MLG) correspondant.
En révélant une organisation en 9 groupes génétiques distincts (via une analyse bayésienne), cette ressource permettrait d'anticiper les capacités d'adaptation des populations de pucerons aux cultures de Cucurbitacées.

Identifier les gènes de résistance pour le melon de demain

Le second volet porte sur l’étude de la résistance du melon face à son ravageur majeur, Aphis gossypii. Ce jeu de données décrit deux caractères phénotypiques liés à la résistance de 275 lignées de melon, provenant du monde entier et appartenant à 17 groupes botaniques, face à 17 clones de pucerons. L’ensemble du jeu de données porte sur 13 985 plantes.

Les scientifiques ont caractérisé deux caractères phénotypiques clés :

• L’acceptance, observée 72 heures après l’infestation (capacité du puceron à s'établir sur la plante).
• La colonisation, estimée après 7 jours (capacité du puceron à se multiplier).

Ces travaux de phénotypage massif, couplés à des analyses génomiques de pointe, ont permis d'identifier plusieurs zones d'intérêt (QTL) sur des chromosomes du melon. Ils éclairent notamment sur le rôle central des homologues du gène Vat dans la résistance spécifique à certains clones de pucerons.

Des ressources biologiques et numériques au service de la communauté

L’intérêt de ces publications est renforcé par l’accès aux ressources biologiques associées : les lignées de melon sont conservées au Centre de Ressources Biologiques (CRB-Leg) et les clones de pucerons sont maintenus vivants à l'unité GAFL à Avignon.

Ces deux jeux de données (qui compilent des résultats obtenus depuis plus de vingt ans) ont fait l’objet d’une curation sévère afin de mettre à disposition des données extrêmement fiables pour la communauté scientifique et dans des programmes de prébreeding pour l’amélioration variétale.

Comment accéder aux données sur Data Gouv ?

• Accès par le portail national : https://recherche.data.gouv.fr
• Utilisation des identifiants numériques (DOI) : chaque jeu de données publié dispose d'un identifiant pérenne appelé DOI (Digital Object Identifier). Pour accéder directement à un jeu de données spécifique, vous pouvez utiliser son URL de redirection, notamment : https://doi.org/10.57745/MDDRFF