Les recherches menées sur le centre Pays de la Loire

Les travaux de recherche du Centre ont en commun de proposer des approches multi-échelles, multi-disciplinaires, construisant une démarche très intégrée allant du gène à la parcelle, de l’exploitation à la filière, de la production primaire (plante ou animal) à l’aliment transformé ; de la structure de l’aliment à la santé humaine.

Identifiants de centre

Le Centre Pays de la Loire inscrit ses activités de recherche dans les trois domaines scientifiques de l'Institut  : Agriculture, Alimentation et Environnement au travers de 4 identifiants dont l'un est partagé avec le Centre INRAE Bretagne-Normandie :

  • Biologie végétale et gestion durable des productions horticoles et des semences,
  • Ingénierie des bioressouces pour les aliments et les matériaux innovants,
  • Santé animale – Sécurité des aliments – Alimentation – Santé humaine : biologie et interactions,
  • Economie des exploitations et des industries agroalimentaires ; politiques publiques de l’agriculture et de l’environnement (partagé avec le centre INRAE Bretagne-Normandie).

Biologie végétale et gestion durable des productions horticoles et semences

 

Plants de pommiers

La qualité et la santé des produits horticoles et des semences sont un enjeu important pour le développement de systèmes de production performants, sains et durables pour ces filières à vocation tant alimentaire qu’ornementale. Celles-ci se caractérisent par un large spectre de systèmes de production, par des modes de production intensifs, implantés en milieu rural, périurbain et urbain. L’obtention de la qualité repose tant sur la gestion efficiente et intégrée des processus de développement des plantes et de leur résistance aux agressions que sur la maîtrise des agents pathogènes eux-mêmes.

Unités concernées : UMR IRHS, UPR BIA (équipes PVPP et ELIPS), USC SIFCIR, USC LEVA, UE HORTI, unités bi-régionales BAGAP et IGEPP

Ingénierie des bioressources pour les aliments et les matériaux innovants

 

Bioressources

Dans un contexte de transitions démographique et alimentaire, de contraintes environnementale et énergétique et de prise de conscience de l’impact de ces facteurs sur la santé publique, les acteurs de l’agriculture, de l’agro-alimentaire et de l’agroforesterie du XXI siècle doivent faire face à un enjeu majeur de durabilité des chaînes de production et d’alimentation.

Unités concernées : UPR BIA, USC GRAPPE

Santé animale – Sécurité des aliments –Alimentation – Santé Humaine : Biologie et Interactions

 

Alimentation

Les travaux du centre contribuent à un domaine majeur de recherche de INRAE : d’une part la gestion intégrée de la santé chez les animaux et son impact sur l’alimentation de l’homme, et d’autre part la compréhension de la santé de l’homme en lien avec son alimentation, notamment sous l'angle de la sécurité chimique et microbiologique de la denrée alimentaire. Impliquées dans le concept d’« une seule santé », les unités du centre contribuent également au renforcement du lien entre santé animale et santé humaine.

Unités concernées : UMR BIOEPAR, UMR LABERCA, UMR PHAN, UMR PANTHER, UMR SECALIM, USC IECM, USC StatSC, UPR BIA (équipe Allergie), USC URSE

Économie des exploitations et des industries agroalimentaires ; politiques publiques de l’agriculture et de l’environnement

 

Troupeau de bovins

Sur cette thématique, les recherches du centre sont totalement partagées avec le centre INRAE Bretagne-Normandie. Elles s’inscrivent dans un contexte caractérisé par une internationalisation croissante des marchés, une concurrence exacerbée entre les états membres de l’Union européenne, une volatilité accrue des prix et une attention croissante des citoyens en termes de santé publique, d’environnement et de bien-être animal.

Unités concernées : UMR SMART LERECO (unité bi-régionale), UMR BIOEPAR (thématique économie et gestion de l'équipe Santé des troupeaux - Santé publique)

Infrastructures de recherche du centre

Plateforme BIBS - BIopolymères, Biologie Structurale

Reconnue "plateforme stratégique de INRAE", BIBS est certifiée ISO 9001, labellisée IBiSA et intégrée à l’infrastructure nationale PHENOME- EMPHASIS-FR et au réseau Biogenouest.
La plateforme BIBS développe et propose des méthodes de caractérisation multi-échelle des biopolymères (polysaccharides, polymères lipidiques, protéines) par différentes modalités analytiques. Combinées, ces différentes modalités permettent d’accéder à la composition et à la structure des biopolymères mais également à leur organisation (assemblages, interactions), leur localisation, leur dynamique. Les systèmes d’études sont d’origine biosourcée, naturels (plantes terrestres ou marines, organes de plantes, cellules, etc.) ou transformés (aliments, matrices alimentaires, biomatériaux, etc.).

L'enjeu est de comprendre le rôle de la structuration aux différentes échelles sur les propriétés de ces systèmes pour mieux en maîtriser la construction et la déconstruction, les fonctions et l'usage.

En savoir plus : https://www.bibs.inrae.fr

Plateforme PHENOTIC - Phénotypage des semences et plantules

La plateforme PHENOTIC a été labellisée IBiSA. Elle est intégrée à l’infrastructure nationale PHENOME-EMPHASIS-FR et au réseau Biogenouest.

PHENOTIC rassemble des outils de phénotypage basés essentiellement sur l’acquisition et le traitement d’images pour le phénotypage des semences, plantules et plantes entières. Le phénotypage sur semences et plantules vise à obtenir des paramètres phénotypiques caractérisant la qualité des semences. Le phénotypage sur plantes entières vise à proposer des outils d’analyse phénotypique des interactions hôtes - agent pathoè̀ne et la qualité des productions horticoles.

Une telle activité de phénotypage pour le végétal spécialisé-horticulture et production de semences s’intègre dans des activités de : (i) Caractérisation des espèces et diversité génétique, sélection variétale ; (ii) Étude du déterminisme génétique (QTL) ; (iii) Paramétrage pour modélisation ; (iv) Comparaison de la virulence, de l’agressivité d’agents pathogènes ; (v) Évaluation de la vigueur des lots de semences.
La plateforme est adossée à une équipe pluridisciplinaire pour favoriser le couplage entre la biologie végétale et les sciences et technologies de l’information et de la communication (traitement d'images, traitement de données). Elle est accessible pour des actions type partenariat dans des programmes de recherche ou pour de la prestation de services.

En savoir plus : https://www6.inrae.fr/phenotic

Plateforme de chimie analytique

La plateforme a été certifiée ISO 9001 et labellisée IBiSA pour ses activités d’analyse structurale et métabolomique ; elle est intégrée au réseau Biogenouest.

Le LABERCA, via sa plateforme de chimie analytique (PFCA), met son savoir-faire et ses instruments au service de ses activités de recherche et de la communauté des chercheurs et des industriels. Ses équipements variés et performants de spectrométrie de masse (basse ou haute résolution, simple ou multidimensionnelle, isotopique) couplés à toute forme de chromatographies (phases gazeuse ou liquide haute performance, SFC) répondent aux nombreuses sollicitations de la communauté. La PFCA intègre des activités liées à l’analyse structurale, au dosage et à l’analyse métabolomique/lipidomique. De plus, le LABERCA possède hirtoriquement une expertise dans le domaine de la stéroïdomique qui vient s'ajouter à l'offre de services de la PFCA.

En savoir plus : https://www.laberca.org/accueil-laberca/

Plateforme APEX - Cellule d’expertise en Anatomie Pathologique

APEX est certifiée ISO 9001, labellisée IBiSA et intégrée à l’infrastructure nationale NeurATRIS, au réseau Biogenouest et au Centre d’excellence Nikon depuis mai 2016 pour la microscopie biphotonique.

La plateforme APEX a pour mission principale d’apporter aux équipes de recherche une expertise en histopathologie animale et en phénotypage tissulaire et cellulaire dans un large spectre d'espèces animales. APEX propose également des développements en mi- croscopie de haute technologie - microscopie confocale spectrale, super-résolution et microscopie multiphotonique en réponse aux problématiques scientifiques d’imagerie.

En savoir plus : https://www6.inrae.fr/anatomie_pathologique_sante_animale

 

Unités de recherche

Le centre compte 17 unités de recherche (dont 1 unité propre, 6 unités mixtes de recherche, 6 unités sous contrat), 1 unité expérimentale et 3 unités d'appui.

Unités de recherche

Unité propre

  • Biopolymères, Interactions, Assemblages (BIA) - INRAE >>>

Unités mixtes de recherche

  • Biologie, Epidémiologie et Analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR) - INRAE - ONIRIS >>>
  • Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) - INRAE-AGROCAMPUS OUEST - UNIVERSITE D'ANGERS >>>
  • Laboratoire d'Etude des Résidus et contaminants dans les Aliments (LABERCA) - INRAE - ONIRIS >>>
  • Physiopathologie animale et Biothérapie du Muscle et du Système Nerveux (PANTHER) - INRAE - ONIRIS
  • Physiopathologie des Adaptations Nutritionnelles (PHAN) - INRAE - UNIVERSITE DE NANTES >>>
  • Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM) - INRAE -ONIRIS >>>

Unité sous contrat

  • Agroalimentaire sur les Produits et les Procédés (GRAPPE) - INRAE - ESA
  • Immunologie Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire (IECM) - INRAE - ONIRIS
  • Légumineuses, Ecophysiologie Végétale, Agroécologie (LEVA) - INRAE - ESA
  • Signalisation Fonctionnelle Canaux Ioniques & Récepteurs (SIFCIR) - INRAE - UNIVERSITE DE NANTES
  • Statistiques, Sensométrie et Chimiométrie (StatSC) - INRAE - ONIRIS
  • Systèmes d'élevage (URSE) - INRAE - ESA

Unité expérimentale

  • Horticulture (Horti) >>>

Unités de service

  • Services Déconcentrés d'Appui à la Recherche (SDAR)
  • Processus de transformation de matières organiques en aliments et produits bio-sourcés ; valorisation des résidus de l’activité humaine (TRANSFORM)
  • Service Informatique interrégional Grand-Ouest (SIIR-GO)