Dossier web

Alimentation, santé globale

Favoriser un microbiote sain et diversifié

Les microorganismes au service de l’alimentation et de la santé

Publié le 30 septembre 2025

Invisibles quoiqu’omniprésents, les microorganismes contribuent à la bonne santé des individus mais sont aussi responsables de maladies suite à la consommation d’aliments contaminés. Ainsi, la diversité des communautés microbiennes des aliments nécessite une connaissance approfondie de leur fonctionnement afin de maitriser la sécurité microbiologique dans les procédés de conservation et de transformation. 

Cette expertise se construit dans nos unités, au service de la connaissance et au bénéfice des consommateurs et des industries agroalimentaires. La fermentation améliore les propriétés nutritionnelles des aliments. Elle ouvre la voie à des aliments de moindre impact environnemental, qui complètent l’offre alimentaire et diminuent la part d’aliments d’origine animale. Elle permet d’utiliser des sources végétales initialement difficiles à valoriser car porteuses de composés antinutritionnels.
Comprendre le fonctionnement du microbiote intestinal et de ses communautés microbiennes est source de solutions favorables à un meilleur état de santé. L’intestin est le lieu où agissent les pré-, pro- ou post-biotiques : des aliments favorisant la diversité du microbiote tels que les fibres, des microorganismes enrichissant le microbiote comme les ferments, ou encore des molécules d’intérêt fonctionnel issues de microorganismes. L’intestin dialogue avec le cerveau, ce qui potentialise le rôle du microbiote intestinal vers d’autres cibles métaboliques et influence positivement son fonctionnement. 

Nos solutions pour une alimentation santé ciblent un microbiote intestinal sain et diversifié, grâce à des recommandations adaptées, des pré- et probiotiques, et dès demain des médicaments issus du microbiote.

Exemple 1 : Des fibres prébiotiques qui optimisent le microbiote

Les fibres alimentaires sont bénéfiques pour la santé, en particulier pour le microbiote intestinal humain. En partenariat avec Roquette, fournisseur d’ingrédients d’origine végétale, les scientifiques d’INRAE ont étudié l’impact de fibres prébiotiques, dont Nutriose® (commercialisé par l’industriel), sur le microbiote intestinal. Les communautés microbiennes, isolées de selles humaines et étudiées ex vivo, évoluent différemment selon la nature de la fibre. Elles s’enrichissent en espèces à même de dégrader ces fibres, dont certaines dominent (Lachnospiraceae/phylum Bacillota et Bacteroidales/phylum Bacteroidota) et sont intéressantes pour la santé. Leur profil génétique montre une augmentation des gènes codant pour des enzymes qui hydrolysent les fibres selon leurs caractéristiques biochimiques. Si l’ensemble des fibres sont favorables aux microbiotes intestinaux, Nutriose® se distingue par son action homogène sur l’ensemble des microbiotes testés. L’étape suivante sera de concevoir des fibres qui modulent sélectivement le microbiote intestinal pour optimiser leur impact sur la santé.

Exemple 2 : Des légumineuses dans le yaourt, une alliance prometteuse

Comment aller vers une alimentation plus durable en diminuant l’apport de produits d’origine animale sans trop changer les habitudes des consommateurs ? Un défi auquel ont répondu les équipes INRAE en élaborant des produits fermentés de type yaourt, à base  de lait de vache et de lupin, pour une transition alimentaire progressive. Elles ont sélectionné des souches de bactéries lactiques complémentaires, capables d’utiliser les glucides et de transformer les protéines du lait et/ou du lupin. Les mélanges contenant 33 % de protéines de lupin se sont avérés les plus agréables à consommer lors de la dégustation. La complémentarité de composition du lait de vache et du lupin a abouti à de nouveaux produits fermentés, bénéfiques pour la santé, dont les goûts et les textures sont variés et les apports nutritionnels équilibrés. Cette solution pour diversifier l’offre alimentaire est en phase pilote.

Exemple 3 : Les bactéries, nos médicaments de demain

Issue du microbiote intestinal humain, la bactérie Faecalibacterium prausnitzii est essentielle à la santé intestinale, modulant réponses immunitaires et processus métaboliques. Exeliom Biosciences, start-up créée en 2016 à partir des résultats INRAE, propose d’utiliser la souche F. prausnitzii Exl01 comme médicament immunomodulateur. Des essais cliniques vont évaluer son efficacité dans plusieurs contextes (maladie de Crohn, maladies infectieuses et cancer). 
La bactérie Lactococcus lactis, largement employée dans l’industrie agroalimentaire dans la fabrication de produits laitiers, produit naturellement un neuromédiateur. Celui-ci s’est révélé efficace pour soulager les douleurs viscérales ressenties, par exemple par les personnes qui souffrent du syndrome de l’intestin irritable. Cette découverte fait d’ores et déjà l’objet de 2 brevets. Un médicament et un complément alimentaire à visée de prévention ou de traitement des douleurs viscérales sont à l’étude.

Exemple 4 : Des thérapies issues du microbiote pour les patients atteints de cancer

Créée à partir de résultats INRAE, MaaT Pharma est une start-up leader dans le développement de thérapies issues du microbiome humain. Ces thérapies sont destinées à restaurer le microbiote de patients atteints de cancers et à moduler leur système immunitaire afin d’augmenter leurs chances de survie. MaaT Pharma dispose d’un large portefeuille de brevets de portée internationale. Elle a développé plusieurs candidats-médicaments, dont 4 sont actuellement en phase clinique avancée. En juin 2025, MaaT Pharma a déposé une demande d’autorisation de mise sur le marché du candidat-médicament MaaT013 (sous le nom de marque déposé Xervyteg®) auprès de l’Agence européenne des médicaments (EMA). Celui-ci agit dans la maladie aiguë du greffon contre l’hôte, une complication grave de la greffe de moelle osseuse ou d’autres greffes allogéniques de cellules souches hématopoïétiques. Si elle est approuvée, cette autorisation positionnerait Xervyteg® comme le premier médicament issu du microbiote approuvé par l’EMA, et le premier au niveau mondial dans une indication en hématologie.

Outils et moyens

 

  • 3 démonstrateurs : Ferments du Futur pour innover dans les techniques naturelles de fermentation ; MetaGenoPolis, spécialisé en métagénomique du microbiote ; Toulouse White Biotechnology (TWB), pour développer des biotechnologies industrielles actionnées par des enzymes et des microorganismes
  • 6 start-up : Enterome Bioscience, Exeliom Biosciences, MaaT Pharma, Nodia Metabolics, NovoBiome (microbiote humain, bactéries commensales et ingrédients bactériens) et Nomad-Yo (produits fermentés végétaux)
  • 1 chaire industrielle, ProteinoPeps (INRAE, Ingredia), sur la transformation des protéines laitières
  • 1 intégrateur industriel, Toulouse Industrial Biotechnology for Health (TIBH), pour la bioproduction dans le domaine de la santé
  • 1 laboratoire commun, ProPhySICe Lab (INRAE, PiLeJe), pour développer des solutions basées sur des phytonutriments et des probiotiques actifs sur l’axe intestin-cerveau
  • 1 projet de sciences participatives, Le French Gut, sur le microbiote intestinal et son lien avec la santé et l’alimentation, avec son pendant international, le Million Microbiome of Humans Project