Santé, résilience et bien-être animal

Quel que soit leur mode d’élevage, les animaux font face à de multiples contraintes et doivent faire preuve de résilience pour grandir et vivre en bonne santé. Spécifié depuis la seconde partie du XX^e siècle, le bien-être des animaux est devenu un impératif au sein des systèmes d’élevage. Il contribue à l’appréciation des produits qui en sont issus.

La santé : un atout éthique, environnemental, économique et sanitaire

Maintenir des animaux en bonne santé est indispensable en élevage pour eux-mêmes bien sûr, mais aussi pour assurer le bon fonctionnement des exploitations et leur rentabilité. Les animaux malades représentent une baisse de production et des surcoûts, en particulier vétérinaires. Prévenir les maladies est aussi primordial pour la santé humaine, dans un contexte « One Health » où santé humaine et animale sont liées. Il s’agit d’une part de faire face au risque de zoonoses et d’autre part de réduire le recours aux antibiotiques et le risque de développement d’antibiorésistance associé. 
Veiller à la santé des animaux est ainsi un facteur de durabilité. Les animaux malades sont moins productifs, requièrent plus d’intrants et ont donc un plus fort impact négatif sur l’environnement. Enfin, la santé des animaux est la garantie indispensable d’une alimentation saine.

Vaccination et autres actions préventives

« La vaccination est le moyen le plus efficace pour prévenir les maladies », expose Muriel Vayssier-Tausat, cheffe du département Santé animale d’INRAE. Son développement est un enjeu fort pour l’élevage. Contre l’influenza aviaire hautement pathogène, la France est pour l’instant le seul pays d’Europe à avoir fait le choix de la vaccination des canards d’élevage et ce depuis octobre 2023. La campagne de vaccination a évité d’abattre de nombreux animaux, comparativement aux épisodes précédents en 2021 et 2022 (16 millions de palmipèdes et volailles abattus pendant l’épizootie 2021-2022 contre combien en 2023 ?). 
Cependant, l’acte n’est pas anodin puisque la vaccination induit la production d’anticorps, qui peuvent être assimilés à la conséquence d’une infection naturelle lors des contrôles sanitaires réalisés pour l’exportation. Ceci explique la frilosité des éleveurs ou des autres pays vis-à-vis de cette pratique. 
Les mammites sont des infections des mamelles des ruminants, principalement des bovins. Elles sont l’une des premières causes d’utilisation d’antibiotiques. Elles handicapent l’animal infecté, compliquent la traite et occasionnent de fortes pertes de production puisque le lait provenant d’une vache traitée aux antibiotiques ne peut être consommé, et ce jusqu’à l’élimination des résidus d’antibiotiques. La lutte contre cette maladie multifactorielle passe par plusieurs leviers croisés : la prévention sanitaire (nettoyage des sols, des équipements de traite…), la modulation du microbiote qui peut jouer un effet barrière, la sélection génétique pour des races moins sensibles aux mammites et le développement de vaccins, ce à quoi travaille actuellement l’unité Infectiologie et santé publique (ISP) de Nouzilly.
INRAE étudie aussi l’immunocompétence des animaux. « Il s’agit de trouver des compétences immunitaires – et les caractéristiques génétiques associées – pour faire face à un ensemble de maladies, et non d’améliorer la réponse à une maladie en dégradant les autres réponses », explique Fany Blanc, de l’unité Génétique animale et Biologie intégrative (GABI) à Jouy-en-Josas. Dans la même unité, Marie-Hélène Pinard-van der Laan est co-pilote du projet Vaccibiota, qui vise à étudier chez la poule pondeuse les effets combinés de la sélection génétique, de l’action sur le microbiote, du mode d’élevage (intérieur ou extérieur notamment) sur la réponse vaccinale des poules (production d’anticorps), et sur la production d’œufs. Les résultats, attendus pour fin 2024, pourront orienter les sélectionneurs, les producteurs d’aliments et de vaccins. Ce projet est soutenu par le Carnot France Futur Élevage, INRAE et le sélectionneur Novogen.

L’enjeu de la robustesse : une meilleure résilience aux aléas

Avec l’augmentation de la fréquence des chaleurs extrêmes et des sécheresses qui s’accompagne souvent de la propagation de maladies, le changement climatique occasionne de nouveaux défis. « Les animaux pour les élevages de demain devront être à la fois efficients, résistants aux maladies et capables de s’adapter et de continuer à produire, autrement dit résilients, dans des environnements diversifiés et fluctuants », expose Edwige Quillet, cheffe du département Génétique animale d’INRAE. La sélection génétique est un levier pour faire évoluer les caractéristiques des populations d’élevage et rendre les animaux plus résilients face aux agents pathogènes qui évoluent, ou plus tolérants à la chaleur et aux disettes estivales. La première étape est d’identifier les marqueurs génétiques qui correspondent au caractère recherché, pour ensuite sélectionner les animaux sur ce critère, ou sur une combinaison de critères. 
L’unité mixte technologique eBIS, associant INRAE à l’Idele et ELIANCE, s’intéresse à la tolérance à la chaleur chez les vaches laitières Prim’Holstein, Montbéliarde et Normande. L’objectif est d’identifier, chez ces races, les caractéristiques génétiques des animaux qui sont moins sensibles aux fortes températures. Chez les porcs, très sensibles à la chaleur, les données du projet ANR PigHeat ont permis de préciser le déterminisme génétique de la réponse au stress thermique en comparant le porc Créole, une race tropicale, et le porc Large White, une race européenne, et leurs descendants croisés. « Les résultats fournissent des pistes (biomarqueurs et régions du génome prédicteurs d’une meilleure adaptation au chaud) utiles pour élaborer de stratégies de sélection d’animaux plus tolérants à la chaleur », précise Edwige Quillet. 

La conduite d’élevage, notamment leur alimentation (composition, rythme de distribution mais aussi libre choix), est également un levier pour améliorer la résilience des animaux. En cas de chaleur par exemple, les animaux ont tendance à moins se nourrir (pour limiter la production de chaleur liée à la digestion de l’aliment), avec des conséquences sur leurs performances de production et leur bien-être. Dans les élevages de monogastriques, la composition et les modalités de distribution de l’alimentation peuvent être adaptées pour aider les animaux à supporter la chaleur. David Renaudeau, de l’unité Physiologie, environnement et génétique pour l’animal et les systèmes d’élevage (Pegase), près de Rennes, teste ce type de solution chez les porcs. Avec une alimentation diminuée 24 h à 48 h avant un pic de chaleur, les animaux « ralentissent » leur métabolisme, ce qui leur permet d’éviter une hyperthermie et de récupérer plus vite après le pic de chaleur. « Nous testons aussi des composés, tels que des antioxydants, des extraits végétaux ou des probiotiques comme des levures, dans l’aliment ou dans l’eau de boisson, qui sont censés compenser les effets négatifs de la chaleur sur les performances des animaux ». 

Le bien-être des animaux

Le regard sur les animaux d’élevage a évolué au xxe siècle pour donner une place de plus en plus importante à leur bien-être. Selon la définition donnée par l’Anses en 2018 et sur laquelle se fonde le Centre national de référence du bien-être animal : « Le bien-être de l’animal est l’état mental et physique positif lié à la satisfaction de ses besoins physiologiques et comportementaux, ainsi que de ses attentes ». Il se traduit par 5 libertés individuelles : l’absence de faim et de soif ; l’absence de peur ; l’absence de stress ; l’absence de douleur et de maladie ; la liberté d’expression d’un comportement normal de son espèce (notamment choisir ses aliments, ses déplacements, ses activités dans un environnement enrichi par des objets en paille, bois, plastique, à mâcher, à manipuler…).

En élevage, le bien-être de l’animal dépendra donc de la propre perception que chaque animal a de son environnement. Il a également un impact économique. Ainsi, les travaux de Claudia Terlouw, physiologiste et éthologue à l’unité Herbivores, près de Clermont-Ferrand, montrent que le stress lié à l’abattage et au transport détériore la qualité de la viande (couleur, tendreté, durée de conservation…). Les simulations réalisées par Larissa 

« Lors du transport et de l’abattage, c’est la présence d’humains inconnus qui génère le plus de peur. »
Claudia Terlouw

Billaudet pendant sa thèse, encadrée par Isabelle Veissier (unité Herbivores également), auprès de 300 fermes, montrent que prendre en compte le bien-être des animaux est possible sans dégrader les résultats économiques de l’exploitation. 
L’évaluation du bien-être se base à la fois sur des paramètres physiologiques, comme la fréquence cardiaque ou le taux de cortisol, et sur une observation et une analyse des comportements de l’animal : agité ou apathique, vigilance, jeux, alimentation, interactions avec les congénères, type de vocalisations… Le stress, quand il dépasse les capacités de l’animal à y faire face (trop intense, trop répété), altère le bien-être. Claudia Terlouw a constaté chez les bovins que, lors du transport et de l’abattage, c’est la présence d’humains inconnus qui génère le plus de peur, plus que le transport lui-même ou la séparation d’avec ses congénères. Les caractéristiques génétiques et le vécu de l’animal sont aussi des facteurs importants à prendre en compte dans les causes de ses peurs.

Depuis quelques années, les recherches sur le bien-être visent à identifier et à promouvoir les émotions positives de l’animal, tout au long de sa vie, et pas seulement à corriger les sources de douleurs. Xavier Fernandez, chef du département Physiologie animale et systèmes d’élevage d’INRAE, explique que « ces recherches passent par une meilleure connaissance des capacités cognitives des animaux qui les rendent à même d’apprendre, de déployer des stratégies d’adaptation aux diverses situations, de se servir de leur environnement et bien sûr de développer des relations à la fois avec leurs congénères mais aussi avec leur éleveur. L’enjeu sera de nous appuyer sur ces connaissances pour proposer les leviers qui permettront de générer des expériences positives pour les animaux ». Par exemple, des chercheurs de l’unité Physiologie, reproduction et comportements (PRC) à Tours ont montré que la poule domestique peut résoudre une tâche relativement complexe, capacité habituellement attribuée à des mammifères. Ainsi, par un jeu d’affichage successif de symboles dont un lié à une récompense, il a été montré que la poule était capable de reconnaître et désigner ce symbole avec son bec. L’objectif est de fournir les connaissances scientifiques nécessaires à la prise en compte des expériences positives dans l’évaluation du bien-être des animaux d’élevage. La Commission européenne prépare une révision en profondeur de sa législation sur le bien-être des animaux qui s’appuie sur les dernières avancées scientifiques dans ce domaine. 

Cependant, donner aux animaux plus de liberté pour se mouvoir, entrer ou sortir du bâtiment, jouer, nécessite un apprentissage des animaux et génère de nouveaux défis pour les éleveurs. Par exemple, la réglementation évolue vers moins d’élevages en cages : depuis 2021, en France, les nouvelles constructions de bâtiments avec cages sont interdites pour les poules pondeuses, avec la perspective d’une interdiction à l’échelle européenne et pour tous les animaux (autres volailles, lapins, truies) pour 2027 ¹. Mais donner plus de liberté n’est pas si facile : chez les poules pondeuses, l’élevage au sol, que ce soit en bâtiment ou en plein air, occasionne 1 à 3 % d’œufs pondus hors nids, qui représentent des pertes (écrasement), un déclassement (des œufs souillés), un travail supplémentaire pour l’éleveur qui doit ramasser ces œufs éparpillés. Aussi, les poules hors cage ont tendance à piquer la tête ou les plumes de leurs congénères. Ce picage peut correspondre simplement à un comportement d’exploration, mais dans certains cas, le picage peut être agressif et source de stress pour tout le groupe. Le plein air ou la baisse de densité peuvent diminuer ce phénomène. La sélection génétique peut aussi contribuer à l’adaptation des animaux aux systèmes donnant plus de libertés. À l’unité Pegase près de Rennes, des généticiens, dont Nicolas Bédère, ont identifié les caractéristiques de poules favorisant la ponte au nid, capables d’aller chercher des nids vides plutôt que de rester près de leurs congénères et pondre au sol. Ces critères de sélection sont déjà utilisés chez un sélectionneur. Julie Collet, généticienne à l’unité Biologie des oiseaux et aviculture (BOA), près de Tours, s’intéresse aux caractéristiques génétiques qui contrôlent le comportement des poulets de chair sur les parcours (certains sortent beaucoup, d’autres très peu, etc.). Chez le porc, d’autres recherches visent à sélectionner des truies plus maternelles, pour diminuer le risque d’écrasement des porcelets en bas âge par leur mère, lorsque la truie n’est pas dans un dispositif de contention. 

_{1. L’initiative citoyenne européenne (ICE) intitulée « End the Cage Age » (Pour une nouvelle ère sans cage) a reçu un avis favorable de la Commission européenne, qui évalue la faisabilité d’une entrée en vigueur en 2027.}

Le numérique pour un suivi individualisé et précoce

Les applications numériques sont d’un grand appui pour les éleveurs. Réduisant leur temps de surveillance, elles leur permettent une détection précoce des situations anormales et peuvent aussi favoriser les situations positives par anticipation de problèmes. Pour les porcs, l’application PIGLOW a été créée en 2021 dans le cadre du projet européen PPILOW. À partir des observations de l’éleveur, l’application calcule un score de bien-être pour la ferme, identifie les facteurs de risque et fournit des conseils. Elle contribue aussi à attirer l’attention de l’éleveur sur des comportements ou facteurs de risque pour le bien-être animal dans une démarche d’amélioration continue. PIGLOW est la déclinaison d’autres applications développées en collaboration entre INRAE et les instituts techniques : Boviwell pour les bovins, Beep pour les porcs, Ebene pour les volailles et les lapins et Moubiene pour les moutons.

D’autres technologies telles que des capteurs physiologiques servent à évaluer le bien-être animal. Céline Tallet, éthologue à l’unité Pegase, enregistre les sons dans les élevages porcins, en partenariat avec l’Ifip. Moins coûteux à mettre en place et à analyser que des vidéos, ces enregistrements sont utiles pour identifier le stress et la douleur chez les porcs, notamment pour reconnaître les cris caractéristiques en cas de morsure de la queue. Ces enregistrements pourraient permettre aux éleveurs d’intervenir plus tôt et limiter les morsures. 
Le projet WAIT4 au sein du PEPR Agroécologie et numérique (France 2030), coordonné par Florence Gondret de l’unité Pegase et mené avec le laboratoire d’innovation territoriale (LIT) Ouesterel, le CEA et Inria, utilise l’intelligence artificielle pour évaluer le bien-être des animaux à l’aide d’indicateurs pertinents, suivre l’état de bien-être de chaque individu en temps réel afin de déclencher des alertes et objectiver les pratiques qui améliorent le bien-être. 

Améliorer la protection des animaux lors de l’abattage

INRAE travaille avec la Direction générale de l’Alimentation (DGAL) et des abattoirs pour adapter les consignes réglementaires et l’utilisation des outils d’étourdissement et d’abattage aux dernières connaissances. Des recherches sont entreprises, par exemple dans l’unité Physiologie, reproduction et comportements (PRC) près de Tours pour mieux comprendre la façon dont les animaux perçoivent l’environnement de l’abattage. Ces travaux s’intéressent par exemple aux facteurs générateurs de stress pour les animaux en abattoir (urines, bruits…) et aux moyens de minorer ces stress (présence de congénères comme une ressource sociale, ou présence de nourriture pour les rendre moins craintifs). 
INRAE accompagne aussi des alternatives aux abattoirs industriels, souvent portées par des collectifs d’éleveurs et d’éleveuses. « La modernité agricole a accentué une séparation entre l’élevage et l’abattage. Depuis plusieurs années, certains éleveurs se sont engagés dans un travail de réappropriation de l’abattage, pour donner une mort digne à leurs animaux », souligne Sébastien Mouret, de l’unité Innovation à Montpellier. Ainsi, certains reprennent des abattoirs sous forme coopérative : les éleveurs y prennent en charge des tâches d’abattage, de découpe et de gérance. Le chercheur souligne les relations de solidarité et de coopération au travail qui se mettent en place dans ces abattoirs. 
D’autres initiatives se structurent autour de projets d’abattoirs mobiles : en permettant l’abattage à la ferme, ils évitent le stress des animaux lié au transport, à la cadence intensive des abattoirs et répondent aux attentes des circuits courts de commercialisation. Cependant, la concrétisation de ces projets implique, pour les éleveurs qui les portent, d’intéresser les acteurs publics (collectivités) et privés (abattoirs) aux enjeux de ces abattoirs innovants. Elle suppose aussi une évolution des normes sanitaires autour de l’abattage.