Des bactéries pour renforcer le microbiote contre les pathogènes

La résistance aux antibiotiques est un sujet de préoccupation majeur, notamment pour les patients immunodéprimés, qui sont exposés à des risques accrus d’infections graves.

La composition du microbiote peut permettre d’éviter la prolifération de bactéries pathogènes, connue sous le terme d’effet barrière. Des stratégies de thérapies ciblées se développent et visent à restaurer le microbiote par l’introduction de bactéries bénéfiques.

Dans cette étude, des scientifiques d’INRAE se sont intéressés à un type de bactéries : les entérocoques résistants à la vancomycine[1] ou ERV. Ces bactéries font partie d’une liste, établie par l’OMS, de 6 pathogènes multirésistants avec un statut prioritaire. Le but de ces travaux ? Identifier des bactéries impliquées dans l’effet barrière et prouver leur efficacité pour empêcher la prolifération des bactéries pathogènes, en vue d’une stratégie thérapeutique.

En prélevant des échantillons de microbiote chez des modèles souris qui avaient reçu par voie orale une injection d’entérocoques et en utilisant des modélisations mathématiques, les scientifiques ont identifié, parmi plus de 500 bactéries différentes, 7 bactéries avec un potentiel effet barrière : plus ces bactéries étaient présentes, moins les bactéries pathogènes étaient nombreuses.

Pour prouver l’efficacité de ces 7 bactéries, les scientifiques ont comparé des souris traitées à un antibiotique et infectées avec un ERV avec ou sans administration du cocktail de bactéries. Résultats : le niveau de prolifération des bactéries pathogènes était plus faible avec l’ajout du cocktail de bactéries.

Par ailleurs, l’efficacité de l’administration du cocktail bactérien était différente entre les souris, ce qui met en évidence l’importance du microbiote initial, comme chez les humains. En effet, des expériences en laboratoire ont montré que les 7 bactéries ne pouvaient pas à elles-seules inhiber la prolifération des pathogènes in-vitro, et les premiers résultats tendent à montrer que c’est l’association du cocktail bactérien avec des bactéries qui composent le microbiote de l’hôte qui rend le traitement efficace.

En plus d’améliorer la compréhension des effets anti-prolifératifs des bactéries et des mécanismes associés, les scientifiques ont pour prochain objectif de rassembler un grand répertoire de microorganismes provenant du microbiote humain, avant de réfléchir à des applications chez l’humain.

Dans une approche en médecine personnalisée, ils travaillent également sur des biomarqueurs prédictifs, c’est-à-dire sur l’identification de différentes espèces de bactéries dans le microbiote du patient pour estimer si le traitement bactérien fonctionnera ou pour l’adapter en conséquence.