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Séquençage du génome de la tique Ixodes ricinus
Une collaboration entre plusieurs équipes françaises a permis d’obtenir la séquence du génome de la tique Ixodes ricinus. Les travaux se poursuivent pour analyser cette séquence, localiser les gènes et identifier leurs fonctions.
Publié le 15 mai 2020
L'espèce de tique Ixodes ricinus est la plus représentée en France et en Europe. Elle peut transmettre de nombreux agents pathogènes : virus, parasites, bactéries (dont celle responsable de la maladie de Lyme). Connaître son génome doit fournir des pistes pour lutter contre cette tique et mieux gérer les risques de transmission de pathogènes. Le groupe "tiques" de l'UMR BIOEPAR coordonne la communauté scientifique qui étudie ce génome et assure la diffusion des résultats.
Analyse de la séquence ADN
Le Genoscope (Evry) a réalisé le séquençage et l'assemblage du génome (obtenu à l'échelle chromosomique). L'annotation (1) et les analyses fonctionnelles des gènes d’intérêt sont en cours, en collaboration avec plusieurs laboratoires européens. D'autres partenaires principalement à Rennes (IRISA, Genouest) participeront aux analyses bio-informatiques et à la mise à disposition des données du génome. L'étude du génome de la tique et de sa variabilité va permettre d'identifier les bases génétiques de certains traits, comme l'aptitude à abriter et transmettre certains agents pathogènes. Elle peut révéler aussi les séquences qui ont évolué en interaction avec les hôtes et leurs agents pathogènes, ou avec les propres parasites ou pathogènes de la tique.
Analyse des séquences transcrites
Outre la connaissance du génome, il est intéressant de connaître comment ce génome s’exprime, c’est-à-dire quelles sont les séquences qui sont transcrites en ARN, puis traduites en protéines fonctionnelles. Les chercheurs de l'UMR BIOEPAR (2) ont réalisé un séquençage à haut débit des séquences transcrites (transcriptome) (3) d’Ixodes ricinus et ont identifié un catalogue très complet de plus de 190 000 transcrits. Ensuite, ils ont mis en évidence des gènes qui s’expriment différemment selon les états physiologiques, par exemple avant ou pendant le repas sanguin, et qui peuvent donc jouer un rôle dans ce repas sanguin.
Une deuxième étude basée sur les transcriptomes de tiques a élargi le champ d'étude, en intégrant cette fois 27 espèces de tiques différentes. Pour cette étude, neuf nouveaux transcriptomes ont été séquencés et combinés avec des données publiées par d'autres groupes et pour les autres espèces. L'analyse a consisté à reconstituer un catalogue de gènes codants pour chaque espèce de tique, puis à utiliser le noyau de gènes en commun entre ces espèces pour réaliser une étude de la phylogénie de ce groupe.
- L’annotation d’un génome consiste à y chercher les séquences codantes (exprimées sous forme de protéines) et à rechercher dans ces séquences des homologies ou des motifs connus pour faire des hypothèses sur les fonctions des gènes.
- Collaboration avec l'Université de Neuchâtel (Suisse)
- Approche dite "RNAseq"
Charrier, N. P., Couton, M., Voordouw, M. J., Rais, O., Durand-Hermouet, A., Hervet, C., Plantard, O., & Rispe, C. 2018. Whole body transcriptomes and new insights into the biology of the tick Ixodes ricinus. Parasites & Vectors, 11 (1), 364. http://doi.org/10.1186/s13071-018-2932-3- https://rdcu.be/6i0H
Charrier, N. P., Hermouet, A., Hervet, C., Agoulon, A., Barker, S. C., Heylen, D., Toty, C., McCoy, K. D., Plantard, O., & Rispe, C. 2019. A transcriptome-based phylogenetic study of hard ticks (Ixodidae). Scientific Reports 9: 12923. https://doi.org/10.1038/s41598-019-49641-9