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SeqOccIn : l’expertise dans le séquençage ADN « longs fragments »

Le projet SeqOccIn (Séquençage Occitanie Innovation), porté par les plateformes INRAE de Genotoul GeT-PlaGe (plateforme Génome et Transcriptome) et Bioinfo (Plateforme Bioinformatique) a été retenu par la Région Occitanie pour un financement FEDER. Ce projet, auquel participent aussi 4 laboratoires INRAE et 14 entreprises, est principalement orienté vers le développement d’une expertise avancée dans l’utilisation des différentes technologies de séquençage et notamment celles permettant le séquençage de longs fragments d’ADN en molécules uniques.

Publié le 15 avril 2019

© INRAE

Le projet Séquençage Occitanie Innovation (SeqOccIn) vise à acquérir une maîtrise avancée des technologies de séquençage long fragments sur molécule unique dans trois domaines d’étude : le polymorphisme du génome (source de la diversité génétique), l’épigénome (les marques en partie réversibles portées par l’ADN modifiant l'expression des gènes sans changer l’ADN), le métagénome (les communautés notamment bactériennes présentes dans un environnement complexe comme l’intestin, les fèces, un aliment etc.).

Il permettra aux deux plateformes de séquençage et de bioinformatique d’approfondir leur expertise sur la combinaison optimale des technologies courts et longs fragments pour différents objectifs de connaissance du génome allant de la détection de la diversité jusqu’à la production d’une séquence complète du génome d’un individu. L’analyse des molécules natives d’ADN permettra aussi la détection de certaines marques épigénétiques. Enfin l’étude de longs fragments d’ADN rendra plus précises les approches d’identification des populations bactériennes présentes dans un échantillon, et facilitera l’étude des communautés bactériennes. 

Porté par les 2 plateformes toulousaines, le projet, d’un budget total de 6M€, a suscité l’intérêt de 14 entreprises :

  • Apis Gene regroupant 8 entreprises du monde de la sélection bovine et caprine (Auriva, Evolution, Gene Diffusion, Créalim, Umotest, BGS, Elitest et Capgenes),
  • Alliance R&D regroupant les 3 sélectionneurs  porcins (Axiom, Nucleus et Choice Genetics),
  • le CNBLet le SYSAAF pour les espèces ovine et aviaires,
  • Lallemand et Adisseo pour la nutrition animale,
  • Limagrain, Euralis, RAGT, Syngenta, Maïsadour, Caussade Semences et KWS, partenaires du Projet Investissement d’Avenir Amaizing, pour la sélection maïs,
  • Adelis/Picometrics pour le développement d’instruments de préparation d’ADN.

Sur chacune des espèces concernées, le projet rassemble des acteurs de la recherche publique et de la recherche privée, pour tirer le meilleur parti de l’expertise acquise et des données produites dans le cadre du projet, en tenant compte des objectifs communs ou propres à chacun. Le projet SeqOccIn financera aussi des développements sur l’analyse des données grâce à la mobilisation de chercheurs des unités toulousaines MIAT (Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse) et GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) en complément d’ingénieurs des 2 plateformes ou de l’équipe SIGENAE de GenPhySE.

D’une durée de 3 ans, le projet financera en particulier une équipe d’une douzaine de personnes et l’acquisition d’expertise par la production et l’analyse de jeux de données d’intérêt pour l'ensemble des partenaires. 

Contacts

Cecile DONNADIEU

Directrice d'unité

Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe)

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