Naissance du PALEOLAB : fouiller le passé pour prédire l’avenir de l’agriculture !

Le séquençage d'ADN de restes archéobotaniques de nos plantes cultivées modernes, fournit des instantanés du passé qui, comparés à la diversité génétique actuelle, permettent de mieux comprendre l’histoire de l’agriculture en tant que processus majeur dans la structuration socio-économique des civilisations et communautés humaines.

Dans le cadre d’un financement FEDER- Région Auvergne-Rhône-Alpes et ANR, le PALEOLAB est désormais dédié à ces activités et constitue un outil ouvert aux chercheurs pour répondre aux questions de recherche suivantes : quel est le centre de domestication des plantes cultivés modernes? Comment ces espèces se sont adaptées aux contraintes environnementales passées ? Comment l’histoire de l’agriculture nous renseigne sur l’histoire des populations humaines ?

Une collaboration INRAE-Inrap au cœur de l’activité du PALEOLAB                  

Les données de paléogénomique, d’archéobotanique, d’archéologie et de climatologie délivrées par les sites de fouilles permettent de caractériser quelle diversité génétique était cultivée, de quels génotypes modernes elle est proche et ainsi de reconstruire l'histoire de l’agriculture pour retracer les voies de contacts, de migrations ou d'échanges entre population humaines en Europe durant l’Holocène.

La paléogénomique est le cœur de l’activité du PALEOLAB. Le développement de l’activité nécessite la mise en œuvre de  techniques, de technologies et de conditions de traitement des échantillons spécifiques à l’ADN ancien. Pour cela, les différentes étapes seront réalisées au sein du laboratoire, porté par l’UMR Génétique Diversité et Ecophysiologie des céréales (UMR INRAE – UCA GDEC), qui permet la manipulation des échantillons archéobotaniques, notamment fourni par l’Inrap, sans risque de contaminations extérieures (laboratoires présentant des cascades de pressurisation de l’air) pour :

•  le tamisage des échantillons en structure confinée ;
•  l’identification précise de tous les échantillons (espèces, tissus) et la prise d’images au laboratoire de    « carpologie » en surpression de niveau II ;
• le broyage et extraction de l’ADN au laboratoire confiné « aDNA » en surpression de niveau I ;
• la préparation pour le séquençage au laboratoire de « biologie moléculaire » en dépression de niveau II ;
• l’analyse bioinformatique des séquences produites.

 Ce laboratoire dispose de toutes les composantes utiles pour mener à bien les activités de paléogénomique : une salle de tamisage confinée, une salle d’identification des échantillons, une salle confinée d'extraction d'ADN, une chambre de stockage du matériel archéologique, un laboratoire de biologie moléculaire et d’analyses bio-informatique... Ce laboratoire assure ainsi l’élimination de toute forme de contamination pour l’exploitation optimale des échantillons anciens. Cette structure est ouverte à l’ensemble des chercheurs souhaitant mener des travaux de paléogénomique par l’analyse de l’ADN ancien sur leurs espèces d’intérêt.