Génétique animale et élevage durable : partenariat public-privé renouvelé entre INRAE et APIS-GENE

COMMUNIQUÉ DE PRESSE - Ce lundi 22 septembre, Philippe Mauguin, président-directeur général d’INRAE et Daniel Perrin, président de la SAS APIS-GENE, ont renforcé la collaboration privilégiée des deux organismes par la signature d’un nouvel accord-cadre pour 5 ans (2025-2030). Engagés conjointement depuis 2019, les deux structures ont un objectif partagé : positionner la recherche en génétique et en génomique comme levier d’adaptation de l’élevage des ruminants français face aux multiples défis à relever. 

Publié le 23 septembre 2025

© INRAE - Christophe Maître

Depuis 2019, les collaborations entre les deux partenaires illustrent les effets bénéfiques de l’harmonisation des modalités du financement de la recherche et des règles de valorisation des résultats des programmes conjoints au service des filières bovines, ovines et caprines performantes et durables. Ainsi on recense sur 2019-2024 :

  • 39 nouveaux programmes de recherche ont été construits ou co-construits en partenariat entre INRAE et APIS-GENE, le plus souvent dans le cadre des unités mixtes technologiques eBIS (INRAE, Idele, ELIANCE) pour les filières bovines et STAR (INRAE, Idele) pour les filières de petits ruminants ;
  • 14 nouvelles thèses bénéficiant de l’écosystème INRAE dans le cadre de projets financés par APIS-GENE ;
  • 4 nouvelles valorisations conjointes sont issues du partenariat public/privé, permettant à un nombre toujours plus important d’éleveurs d’accéder à de nouvelles innovations :

la mise en place d’un nouveau modèle de sélection génomique pour de nouveaux caractères, notamment de santé (2020) ;

> le déploiement de la sélection génomique à la filière caprine (2021) ;

> la mise en place de l’évaluation génomique de la résistance à la paratuberculose (2023) vient également renforcer la lutte contre cette maladie, répandue chez les bovins et à l’issue fatale ;

> un accord spécifique pour l’évaluation génomique de la race Blonde d’Aquitaine (2025) vient compléter le panel de ces valorisations.

La sélection génomique bovine s’est par ailleurs enrichie d’une nouvelle méthodologie, le single step, qui améliore la précision de l’évaluation des index.  

De gauche à droite : Mathieu Diribarne (Directeur Scientifique d'APIS-GENE), Ludivine Doutre (Cheffe de projets APIS-GENE), Daniel Perrin (Président d'APIS-GENE), Hervé Garreau (Chargé de Partenariat et d'Innovation à INRAE), Carine Capel (Responsable des programmes APIS-GENE), Philippe Mauguin (Président-directeur général d'INRAE), Valérie Archambault (direction Partenariat & Transfert pour l’innovation à INRAE), Isabelle Litrico (directrice scientifique Agriculture d'INRAE) © INRAE - Christophe Maître

Enfin une collaboration scientifique et technique s’est enclenchée au travers du programme national Méthane 2030, financé dans le cadre du plan France 2030, dont APIS-GENE est chef de file et porte également 41 % du budget, pour un financement total de 12,3 M€ sur 4 ans, et auquel contribuent INRAE et de nombreux partenaires techniques et professionnels des filières ruminants. Les objectifs sont d’harmoniser les méthodes de mesures des émissions de méthane entérique et d’améliorer leurs prédictions dans différents contextes d’élevages, et de proposer les meilleures combinaisons des leviers disponibles pour réduire ces émissions : conduite du troupeau, alimentation des animaux et solutions nutritionnelles anti-méthane notamment. Il s’agit aussi de mettre en place et déployer des évaluations génomiques sur les émissions de méthane, incluant un index synthétique génétique « efficience méthane ». Méthane 2030 a pour objectif d’atteindre 30 % de réduction des émissions de méthane entérique en 10 ans en France, et de fournir aux éleveurs un service complet pour poursuivre leurs actions de décarbonation [1].

« En réaffirmant la force de notre partenariat avec APIS-GENE autour du levier génétique et génomique , l’institut accentue son engagement à apporter des solutions aux filières bovines, ovines et caprines et accompagner ainsi les éleveurs dans leurs besoins de performance économique et de durabilité. » Philippe Mauguin, PDG d’INRAE

« Par l’ensemble de ses travaux déjà engagés, APIS-GENE assoit son engagement ambitieux pour stimuler la recherche dans son domaine : 12 M€ investis par la SAS ont généré plus de 30 M€ de programmes de recherche sur les 5 dernières années », a indiqué Daniel Perrin, président de la SAS APIS-GENE.

Pour cette nouvelle période 2025-2030, cet accord-cadre constitue un socle fort pour poursuivre cette collaboration aux multiples bénéfices liés principalement aux apports humains, matériels, intellectuels et financiers réciproques. 
Les modalités de collaboration s’inscrivent dans l’ambition de toujours mieux structurer les actions communes de recherche, de valorisation mais aussi de communication afin d’en maximiser les impacts.


[1] Méthane 2030 se positionne dans la continuité du programme MethaBreed (2019-2023) mené par INRAE, Idele et ELIANCE et financé par APIS-GENE (530 907 € HT), renforcé par la thèse MethaFor, qui ont permis la mise en place d’une indexation pilote pour la réduction de la production de méthane par les vaches laitières et qui devrait se concrétiser en 2026.

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