Des pistes pour réduire les résidus d’antibiotiques dans les effluents d’élevage

Les maladies dues à des bactéries nécessitent l’administration d’antibiotiques aux animaux d’élevage. Des résidus de ces traitements vont être excrétés par les déjections et se retrouver dans les litières. Lorsque ces fumiers et lisiers sont épandus, les résidus peuvent être dispersés dans l’environnement, contribuant ainsi à la contamination des sols et des eaux souterraines et augmentant les risques d’antibiorésistance.

Dans le cadre du programme européen H2020 Healthy livestock, dont l’objectif était de proposer des pratiques d’élevage visant à réduire l’usage des antibiotiques pour des enjeux de santé publique et animale, économiques et environnementaux, des scientifiques en santé animale du laboratoire INTHERES ont développé une méthode d’analyse pour quantifier les résidus des différents antibiotiques utilisés en santé animale.

« 350 échantillons de litière ont été prélevés dans des élevages de poulets à Chypre, en Grèce et aux Pays-Bas, dans des élevages de porcs français et italiens, retrace Marlène Lacroix, ingénieure de recherche INRAE. Dans ces échantillons, nous avons déterminé les concentrations résiduelles d’antibiotiques. »

À l’exception de l’amoxicilline, tous les antibiotiques utilisés dans les élevages ont été détectés dans les litières des animaux traités. L’amoxicilline est l’antibiotique le plus couramment utilisé dans les élevages suivis mais il n’a été détecté dans aucun des prélèvements de litière car, du fait de sa faible stabilité dans le temps, les résidus sont difficiles à détecter. Les fluoroquinolones et la doxycycline sont fréquemment retrouvées dans les litières des animaux traités, particulièrement ceux issus des élevages de poulets. Globalement, la présence de résidus est plus élevée dans le fumier de poulet que dans celui de porc.

Réduire les résidus

L’équipe de recherche a aussi étudié les conséquences de la mise en place de plans sanitaires dédiés à l’amélioration du bien-être animal et à la réduction des antibiotiques, sur la présence d’antibiotiques dans les litières. L’impact de ces plans a été évalué, dans chaque exploitation, par le ratio des concentrations d’antibiotiques avant et après leur mise en œuvre. Ce qui a confirmé que l’amélioration de la biosécurité permet de réduire le besoin en antibiotiques. La biosécurité désignant l'ensemble de mesures préventives et réglementaires visant à réduire les risques de diffusion et transmission de maladies infectieuses chez l’homme, l’animal et le végétal.

Ils ont aussi montré que la stabilité chimique des antibiotiques avait une plus grande influence sur la détection de résidus dans les litières que la fréquence des traitements. « La classe de l’antibiotique, sa famille chimique, est un facteur important car elle influence fortement la stabilité des composés, c’est-à-dire leur capacité à persister dans les litières », souligne Marlène Lacroix. Ainsi, les fluoroquinolones et tétracyclines sont des molécules stables donc plus à même d’être détectées.

Cette étude confirme la nécessité d’élaborer des plans sanitaires sur mesure pour améliorer la biosécurité, donc diminuer le risque que ses animaux soient en contact de pathogènes et aient besoin d’être soignés avec des antibiotiques. Afin de limiter la présence de résidus d’antibiotiques dans les litières, la réduction du nombre de traitements devrait être accompagnée de recommandations de familles d’antibiotiques, afin de privilégier les molécules qui sont le plus rapidement dégradées dans l’environnement.