Élevage avicole : améliorer les connaissances sur un pathogène émergent pour mieux cibler les traitements

Enterococcus cecorum provoque des troubles locomoteurs et des infections généralisées (septicémies), au sein des élevages de poulets de chair, particulièrement ceux à croissance rapide. Elle est de plus en plus problématique, son incidence ayant été multipliée par 100 en 15 ans.

Enterococcus cecorum est naturellement présente dans le système digestif des volailles, et malgré des preuves montrant l'existence de souches ayant un potentiel pathogénique, ces isolats cliniques restent peu connus. C’est dans l’objectif de mieux les caractériser que des chercheurs d’INRAE et de l’Anses se sont associés.

Déchiffrer son ADN

Les scientifiques d’INRAE et de l’Anses ont mené une première étude sur l’analyse de la diversité génétique de Enterococcus cecorum circulant dans les élevages français.

Pour cela, ils ont étudié une centaine d’échantillons isolés d’animaux malades. Les souches bactériennes qui provoquent la maladie sont appelées des variants cliniques, celles qui sont issues d’animaux sans symptôme sont appelées variants non-cliniques.  

Une analyse comparée des génomes de ces deux catégories a permis d’établir la panoplie complète des gènes présents et la liste de ceux communs à tous les variants.

Résultat : les variants cliniques ont suivi une évolution bien distincte des variants non cliniques. Leur groupe évolutif réunit la majorité des variants responsables des infections en France, mais aussi dans d’autres pays d’Europe et aux Etats-Unis.

Six gènes ont été identifiés qui permettent de déterminer l'origine évolutive d’un variant dans 94% des cas. Dans une optique de surveillance des élevages, ils permettent d‘identifier sur la base de prélèvements le risque pathologique pour chaque élevage.

Évaluer les profils de résistance aux antibiotiques

Lors de cette étude, des gènes de résistance aux antibiotiques ont également été identifiés chez des variants cliniques, pour mieux cibler les traitements éventuels.

Dans un travail complémentaire, les chercheurs ont testé l’effet de molécules antimicrobiennes sur une collection de plus de 200 variants.

Leur objectif ? Etre capable de développer une méthode d’analyse pour déterminer des concentrations limites d’antibiotiques ou seuils épidémiologiques, permettant de repérer les variants résistants aux antibiotiques.

Ces seuils ont été déterminés pour 29 molécules antimicrobiennes. Ces travaux montrent que de nombreux variants sont résistants aux antibiotiques utilisés en élevage. Mais ces résistances ne concernent pas les antibiotiques utilisés en médecine humaine.

Ces deux études complémentaires montrent l’évolution de cette bactérie dont les populations incluent désormais un groupe de variants infectieux. L’ensemble des résultats apporte un éclairage sur sa diversité génétique et sa résistance aux antibiotiques. Ils aideront à mieux prévenir et contrôler les maladies liées à Enterococcus cecorum.