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MetaGenoPolis-INRAE, l’INSERM et l'AP-HP lancent l'étude NOSOCOVID

MetaGenoPolis-INRAE, unité experte en recherche sur le microbiote humain et animal, s’engage avec l’INSERM et l'AP-HP dans une collaboration de recherche pour étudier l’évolution des patients de réanimation atteints du COVID-19. L’étude NOSOCOVID porte sur l'évolution des microbiotes digestifs et risque de pneumonies acquises sous ventilation mécanique des patients de réanimation atteints d’infection à SARS-CoV-2, sous la responsabilité du Dr Etienne Ruppé (hôpital Bichat AP-HP / UMR INSERM 1137 IAME).

Publié le 05 mai 2021

illustration MetaGenoPolis-INRAE,  l’INSERM et l'AP-HP lancent l'étude NOSOCOVID
© INRAE

Depuis plus d’un an, le virus SARS-CoV-2 génère une pandémie sans précédent dans le monde. Ce virus provoque des réactions différentes chez les individus, dont certains gravement malades sont admis dans les unités de soins intensifs suite à un syndrome de détresse respiratoire aiguë. Certains patients doivent être traités durant plusieurs semaines et sont donc exposés au risque de développer des infections, notamment de pneumonies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) et des bactériémies pour lesquelles la porte d’entrée suspectée est digestive. Des traitements par antibiothérapie sont mis en place mais parfois non adéquats en raison de l’augmentation de la résistance aux antibiotiques des bactéries en cause. 

Evaluer l'impact des modifications du microbiote intestinal pour prédire l’évolution des patients atteints de COVID-19 grave admis en soins intensifs

Ce projet, coordonné par le Pr. Jean-François Timsit et le Dr Etienne Ruppé, médecins à l’hôpital Bichat AP-HP et chercheurs dans l’unité IAME, repose sur l'hypothèse que la prédiction de la PAV chez les patients infectés par le SARS-CoV-2 peut être améliorée en intégrant des données microbiologiques nouvelles (en caractérisant les microbiotes et en mesurant les concentrations de bactéries pathogènes). L’objectif principal sera de fournir un outil prédictif de l'épisode de PAVM avec des performances suffisantes pour permettre une détection plus précoce et un traitement préventif des patients les plus sévères.  De même, ce projet permettra également d'évaluer l'impact des modifications du microbiote intestinal pour prédire l'issue des patients atteints de COVID-19 grave admis en soins intensifs.

Dans ce projet, des écouvillons rectaux des patients ont été prélevés à l’admission au centre hospitalier Hôpital Bichat AP-HP puis deux fois par semaine durant leur prise en charge dans les unités de soins intensifs. L’extraction d’ADN a été également effectuée à Hôpital Bichat AP-HP. MetaGenoPolis-INRAE, habilité au niveau de sécurité biologique 2, réalisera le séquençage et l’analyse du microbiote.

"L’utilisation des données de microbiote en vue d’améliorer la prise en charge des patients de réanimation, notamment ceux admis pour COVID-19, est une approche prometteuse sur laquelle nous sommes ravis de collaborer avec l’INRAE", a déclaré le Dr Etienne Ruppé bactériologiste à l’hôpital Bichat AP-HP.

"Nous avons faits des progrès incontestables sur le traitement des formes sévères de Sars-cov2 mais l’infection nosocomiale reste plus fréquente que chez les autres patients de réanimation. La relation entre les anomalies des microbiotes et l’infection nosocomiale nous permet d’envisager des traitements antibactériens plus précoces et d’autres approches d’immunomodulation chez ces patients" a déclaré le Pr Jean François Timsit, chef du service de réanimation médicale et infectieuse à l’hôpital Bichat AP-HP.

"C’est un projet très important, qui vise à éclairer le rôle de notre microbiote dans l’évolution de la Covid, pour pouvoir soigner au mieux les patients gravement malades", a déclaré Stanislav Dusko Ehrlich, Ph.D., directeur scientifique de la plateforme de métagénomique quantitative à MetaGenoPolis-INRAE.

À propos de MetaGenoPolis (INRAE)

MetaGenoPolis (MGP) est une unité INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement) expert en recherche sur le microbiote intestinal appliquée à la santé et à la nutrition humaine et animale, financé par le Programme des Investissements d'Avenir (Lauréat 2012 et 2019). L'expertise de MGP dans l'analyse du microbiote intestinal et de ses implications pour la santé et la nutrition est largement reconnue dans la communauté scientifique internationale depuis 2010. En collaboration avec l'industrie, les universités et les cliniques, et accompagné par le centre éthique UCLy, MGP conçoit et met en œuvre des projets adaptés aux besoins des partenaires pour explorer le lien entre le microbiote, la nutrition et la santé. MGP vise également à développer davantage de partenariats industriels et la création de start-ups pour accélérer la science du microbiote et l'innovation en matière de santé et de nutrition. http://mgps.eu/

À propos de l’INSERM

L’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) est un établissement public à caractère scientifique et technologique, placé sous la double tutelle du Ministère de lʼEnseignement supérieur, de la Recherche et de lʼInnovation et du Ministère des Solidarités et de la Santé. L’Inserm est le seul organisme public français dédié à la recherche biologique, médicale et à la santé humaine et se positionne sur l’ensemble du parcours allant du laboratoire de recherche au lit du patient. Ses chercheurs ont pour vocation l’étude de toutes les maladies, des plus fréquentes aux plus rares. https://www.inserm.fr/

À propos de l’AP-HP 

Premier centre hospitalier et universitaire (CHU) d’Europe, l’AP-HP et ses 39 hôpitaux sont organisés en six groupements hospitalo-universitaires (AP-HP. Centre - Université de Paris ; AP-HP. Sorbonne Université ; AP-HP. Nord - Université de Paris ; AP-HP. Université Paris Saclay ; AP-HP. Hôpitaux Universitaires Henri Mondor et AP-HP. Hôpitaux Universitaires Paris Seine-Saint-Denis) et s’articulent autour de cinq universités franciliennes. Etroitement liée aux grands organismes de recherche, l’AP-HP compte trois instituts hospitalo-universitaires d’envergure mondiale (ICM, ICAN, IMAGINE) et le plus grand entrepôt de données de santé (EDS) français. Acteur majeur de la recherche appliquée et de l’innovation en santé, l’AP-HP détient un portefeuille de 650 brevets actifs, ses cliniciens chercheurs signent chaque année près de 9000 publications scientifiques et plus de 4000 projets de recherche sont aujourd’hui en cours de développement, tous promoteurs confondus. L’AP-HP a obtenu en 2020 le label Institut Carnot, qui récompense la qualité de la recherche partenariale : le Carnot@AP-HP propose aux acteurs industriels des solutions en recherche appliquée et clinique dans le domaine de la santé. L’AP-HP a également créé en 2015 la Fondation de l’AP-HP pour la Recherche afin de soutenir la recherche biomédicale et en santé menée dans l’ensemble de ses hôpitaux. http://www.aphp.fr 

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Anne-Sophie Alvarez Microbiome communication manager MetaGenoPolis

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