Jérôme Montfort fait parler les chiffres pour comprendre l’évolution des poissons

Depuis tout jeune, Jérôme est passionné de sciences. Enfant, il dévorait déjà les magazines « Science et vie » auxquels son père était abonné. Après un bac S, il se tourne donc tout naturellement vers une maîtrise de biochimie puis un DEA en bioinformatique et génomique, pour comprendre les mécanismes du vivant. Il effectue plusieurs stages sur la régulation des gènes qui le motivent à aller jusqu’à la thèse.

En 2002, il quitte le sud de la France pour s’installer à Rennes et intègre l’unité de recherche INRAE LPGP pour réaliser une thèse sur les puces à ADN sur le transcriptome de la spermatogenèse chez la truite arc en ciel. Mais l’opportunité de devenir ingénieur d’études pour mettre en place un laboratoire de puces à ADN s’offre à lui. « Je suis arrivé à un moment crucial car INRAE commençait tout juste le développement des puces à ADN chez les animaux d’élevage. Le choix entre finir ma thèse et accepter ce poste était complexe mais il y avait de forts enjeux derrière et je me plaisais bien dans ce laboratoire, donc je ne voulais pas passer à côté. » Il met donc de côté sa thèse et accompagne, pendant 8 ans, les chercheurs dans leurs expériences en apportant une vue d’ensemble des phénomènes biologiques.

Le boom de la bioinformatique

Partir d’un tableau de chiffres et leur donner un sens biologique

Avec l’explosion des données, la bioinformatique se développe rapidement et Jérôme se découvre une nouvelle passion.

« J’adorais le fait de partir d’un tableau de chiffres et de leur donner un sens biologique. Analyser les données et les faire parler suite aux expériences réalisées, c’est enrichissant. Et puis, la rapidité à laquelle on peut avoir des résultats, c’est satisfaisant et cela motive encore plus. »

Après un stage de 6 mois à l’IRISA (INRIA Rennes) couplé à une grande part d’apprentissage personnel, Jérôme évolue vers un poste d’ingénieur bioinformatique et se spécialise dans l’analyse des données chez les poissons à l’UR LPGP. « Les poissons représentent la moitié des vertébrés, et pourtant très peu d’études sont réalisées. Il y a presque autant de caractéristiques que de poissons différents donc le champ des possibles est très large. Pouvoir dater l’apparition ou l’extinction de certains gènes pour retracer l’histoire évolutive des génomes, c’est très intéressant . »

Sur son nouveau poste, il analyse les données issues des séquençages,  compare les données entre espèces pour trouver des processus évolutifs identiques, retrace les gènes ancestraux… un vrai couteau-suisse pour répondre aux problématiques bio-informatiques des chercheurs. Il développe notamment une application permettant d’identifier le nombre de duplications des gènes, afin d’expliquer l’adaptation d’une espèce dans le temps ; de l’eau douce à l’eau de mer par exemple.

Un retour aux sources

Malgré tout, l’envie de faire une thèse persiste. Après des échanges avec Florent Murat, chercheur INRAE, concernant l’impact des duplications de gènes sur l’acquisition de nouveaux caractères chez les espèces aquacoles, Jérôme se lance en mars 2023 pour étudier ce sujet. « Je suis très enthousiaste à l'idée de  reprendre une thèse. En tant qu’ingénieur, je vois passer plein de projets très intéressants sans les prendre en main, je commençais à ressentir une certaine frustration. C’est intéressant de travailler sur des sujets divers et variés, mais cela m’a donné envie d’en mener un dans sa totalité. Et puis, ça me rajeunit de redevenir étudiant. Et cela me plaît de savoir que j’ai 3 ans devant moi pour répondre à une problématique scientifique. »