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Une approche phylogénomique permet de reconstruire l’histoire évolutive du genre Gallus (et d’identifier des hybrides)
Publié le 11 janvier 2021


Dans un article paru dans Molecular Phylogenetics and Evolution, les chercheurs de l’INRAE de Jouy-en-Josas (unité INRAE MaIAGE et unité INRAE/AgroParisTech/UPSaclay GABI) ont séquencé le génome complet de plusieurs oiseaux de chaque espèce, issus soit de leur milieu naturel soit de parcs zoologiques, et construit un ensemble de 33 millions de marqueurs pour inférer l’arbre.
Il s’avère que les coqs de Sonnerat issus des parcs sont en réalité des hybrides coq Sonnerat (~90%) / coq sauvage (~10%) avec une hybridation remontant à 200 ans, ce qui perturbe les analyses phylogénétiques. Suivant la méthode d’inférence et le jeu de marqueurs utilisé, on retrouve le scénario A ou B, avec à chaque fois une certitude absolue. La quantification des flux de gènes entre espèces produit des valeurs aberrantes sous le scénario B et permet in fine de choisir le scénario A.
VOIR AUSSI Mahendra Mariadassou, Marie Suez, Sathya Sathyakumar, Alain Vignal, Mariangela Arca, Pierre Nicolas, Thomas Faraut, Diane Esquerré, Masahide Nishibori, Agathe Vieaud, Chih-Feng Chen, Hung Manh Pham, Yannick Roman, Frédéric Hospital, Tatiana Zerjal, Xavier Rognon, Michèle Tixier-Boichard, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S105579032030316X |