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Une approche phylogénomique permet de reconstruire l’histoire évolutive du genre Gallus (et d’identifier des hybrides)

L’histoire évolutive du genre Gallus, qui contient la poule, a fait l’objet de nombreuses études qui ont abouti à des arbres phylogénétiques incompatibles. Le genre est formé de 4 espèces sauvages de coqs : le coq sauvage ou doré (Gallus gallus, Asie du Sud-Est), le coq de Sonnerat (Gallus sonneratii, Inde), le coq de Lafayette (Gallus lafayettii, Sri Lanka) et le coq de Java (Gallus varius, Indonésie). Les études précédentes suggèrent que le branchement ancestral concerne soit le coq sauvage (scénario A) soit lecoq de Java (scénario B). Elles souffrent cependant de limitation : souvent un seul oiseau par espèce, peu de gènes, etc.

Publié le 11 janvier 2021

© INRAE

Dans un article paru dans Molecular Phylogenetics and Evolution, les chercheurs de l’INRAE de Jouy-en-Josas (unité INRAE MaIAGE et unité INRAE/AgroParisTech/UPSaclay GABI) ont séquencé le génome complet de plusieurs oiseaux de chaque espèce, issus soit de leur milieu naturel soit de parcs zoologiques, et construit un ensemble de 33 millions de marqueurs pour inférer l’arbre.

Il s’avère que les coqs de Sonnerat issus des parcs sont en réalité des hybrides coq Sonnerat (~90%) / coq sauvage (~10%) avec une hybridation remontant à 200 ans, ce qui perturbe les analyses phylogénétiques. Suivant la méthode d’inférence et le jeu de marqueurs utilisé, on retrouve le scénario A ou B, avec à chaque fois une certitude absolue. La quantification des flux de gènes entre espèces produit des valeurs aberrantes sous le scénario B et permet in fine de choisir le scénario A.

VOIR AUSSI

Mahendra Mariadassou, Marie Suez, Sathya Sathyakumar, Alain Vignal, Mariangela Arca, Pierre Nicolas, Thomas Faraut, Diane Esquerré, Masahide Nishibori, Agathe Vieaud, Chih-Feng Chen, Hung Manh Pham, Yannick Roman, Frédéric Hospital, Tatiana Zerjal, Xavier Rognon, Michèle Tixier-Boichard,
Unraveling the history of the genus Gallus through whole genome sequencing. Molecular Phylogenetics and Evolution. 2020, 107044,
ISSN 1055-7903, https://doi.org/10.1016/j.ympev.2020.107044.

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S105579032030316X


https://www6.jouy.inrae.fr/gabi/Page-d-accueil/Actualites/Publication-Molecular-Phylogenetics-and-Evolution

 

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