1 min

Une approche phylogénomique permet de reconstruire l’histoire évolutive du genre Gallus (et d’identifier des hybrides)

L’histoire évolutive du genre Gallus, qui contient la poule, a fait l’objet de nombreuses études qui ont abouti à des arbres phylogénétiques incompatibles. Le genre est formé de 4 espèces sauvages de coqs : le coq sauvage ou doré (Gallus gallus, Asie du Sud-Est), le coq de Sonnerat (Gallus sonneratii, Inde), le coq de Lafayette (Gallus lafayettii, Sri Lanka) et le coq de Java (Gallus varius, Indonésie). Les études précédentes suggèrent que le branchement ancestral concerne soit le coq sauvage (scénario A) soit lecoq de Java (scénario B). Elles souffrent cependant de limitation : souvent un seul oiseau par espèce, peu de gènes, etc.

Publié le 11 janvier 2021

illustration Une approche phylogénomique permet de reconstruire l’histoire évolutive du genre Gallus (et d’identifier des hybrides)
© INRAE

Dans un article paru dans Molecular Phylogenetics and Evolution, les chercheurs de l’INRAE de Jouy-en-Josas (unité INRAE MaIAGE et unité INRAE/AgroParisTech/UPSaclay GABI) ont séquencé le génome complet de plusieurs oiseaux de chaque espèce, issus soit de leur milieu naturel soit de parcs zoologiques, et construit un ensemble de 33 millions de marqueurs pour inférer l’arbre.

Il s’avère que les coqs de Sonnerat issus des parcs sont en réalité des hybrides coq Sonnerat (~90%) / coq sauvage (~10%) avec une hybridation remontant à 200 ans, ce qui perturbe les analyses phylogénétiques. Suivant la méthode d’inférence et le jeu de marqueurs utilisé, on retrouve le scénario A ou B, avec à chaque fois une certitude absolue. La quantification des flux de gènes entre espèces produit des valeurs aberrantes sous le scénario B et permet in fine de choisir le scénario A.

VOIR AUSSI

Mahendra Mariadassou, Marie Suez, Sathya Sathyakumar, Alain Vignal, Mariangela Arca, Pierre Nicolas, Thomas Faraut, Diane Esquerré, Masahide Nishibori, Agathe Vieaud, Chih-Feng Chen, Hung Manh Pham, Yannick Roman, Frédéric Hospital, Tatiana Zerjal, Xavier Rognon, Michèle Tixier-Boichard,
Unraveling the history of the genus Gallus through whole genome sequencing. Molecular Phylogenetics and Evolution. 2020, 107044,
ISSN 1055-7903, https://doi.org/10.1016/j.ympev.2020.107044.

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S105579032030316X

https://www6.jouy.inrae.fr/gabi/Page-d-accueil/Actualites/Publication-Molecular-Phylogenetics-and-Evolution

 

Le centre

Les départements

En savoir plus

Biodiversité

Nouveau projet BrasExplor : explorer la diversité génétique des Brassica présents sur le pourtour méditérranéen

Le projet BrasExplor sur l’identification de la variabilité génétique des navets et choux présents sur le pourtour méditerranéen a été retenu par l’Agence Nationale de la Recherche dans le cadre de l’appel à projets Prima. D’une durée de 3 ans, il est coordonné par Anne-Marie Chèvre, directrice de recherches INRAE à l’Unité Mixte de Recherche « Institut de génétique, environnement et protection des plantes ».

18 février 2020

Biodiversité

Biodiversité après 2020 : la diversité génétique oubliée

En janvier, le secrétariat de la Convention sur la diversité biologique (CBD) a publié la première version de son « cadre mondial pour la biodiversité après 2020 » (1) . Dans un article publié le 6 mars 2020 dans Science (2), des scientifiques de plusieurs universités et instituts de recherche autour du globe, dont l’université de Bordeaux et INRAE, l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, alertent que les objectifs et indicateurs proposés dans ce document négligent la diversité génétique – l’élément de base de l’évolution et de toute la diversité biologique. Une abondance de preuves scientifiques reconnaît aujourd’hui le rôle crucial de la diversité génétique au sein des espèces pour la résilience des écosystèmes, la survie des espèces et leur adaptation, en particulier face aux menaces imposées par le changement global.

06 mars 2020

Agroécologie

Adaptation au changement climatique du maïs : exploiter la diversité génétique du maïs pour augmenter les rendements

COMMUNIQUE DE PRESSE - Plusieurs simulations prévoient que le réchauffement climatique diminuera les rendements, mais elles sont basées sur le fait que les agriculteurs de 2050 utiliseront les mêmes variétés qu’aujourd’hui. Or, la profession sème actuellement des variétés de maïs de plus en plus tardives pour contrebalancer l’effet du réchauffement climatique. En se basant sur les pratiques et les savoirs professionnels actuels, des mesures faites en conditions réelles sur plusieurs sites, et plus de 3 millions de simulations à partir de 12 modèles climatiques, les chercheurs de l’Inra montrent que l’exploitation de la diversité génétique de la floraison du maïs permettrait l’adaptation au changement climatique et l’augmentation des rendements. Ces résultats sont publiés le 1er octobre 2018 dans la revue PNAS.

27 avril 2020