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De l’initiative FAANG ... jusqu'à la fourchette
Dans une publication parue dans la revue Genome Biology, des chercheurs de plusieurs équipes internationales, rassemblés autour de Elisabetta Giuffra de l’unité Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI) qui coordonne la revue, décrivent un ensemble de priorités de recherche qui s'appuient sur les progrès, les succès et les ressources de l’initiative FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes) depuis 2015, et qui visent à répondre aux défis présents et futurs de la production animale.
Publié le 19 janvier 2021
Les principaux défis auxquels la communauté des sciences animales est maintenant confrontée sont d'utiliser plus précisément le génotype pour prédire le phénotype dans des environnements spécifiques et de passer d'un petit nombre d'individus hautement annotés à des approches capables de générer des informations sur l'expression et la régulation des gènes à l’échelle des populations. Les méthodologies récentes (par exemple, les nouveaux systèmes de phénotypage in vitro couplés à l’édition des éléments génétiques et épigénétiques du génome) permettent de relever ces défis pour intégrer les connaissances à l’échelle des cellules, des tissus et des animaux entiers.
Les nouvelles actions de FAANG conduiront à une annotation plus efficace des variants génétiques, en particulier de ceux ayant des rôles de régulation, ce qui permettra une meilleure hiérarchisation des variants pour une sélection génomique enrichie par les informations fonctionnelles et au développement des nouveaux systèmes de gestion (genome-enabled management) via la prédiction de phénotypes. L’étude au niveau des populations contribuera à découvrir, mieux préserver et utiliser la biodiversité génomique de races et populations adaptées à des environnements différents. Les nouvelles informations de biologie fondamentale soutiendront la recherche à travers plusieurs domaines, dont la santé (One-Health), la biologie des systèmes, l’étude de l’environnement.