Biodiversité Temps de lecture 5 min
Identification des Carabidae grâce à un nouvel outil web : la clé de détermination "CarabiSad"
Les Carabidae sont une famille d’insectes modèles utilisés dans les unités de recherche pour des travaux sur la biodiversité et les services écologiques des paysages agricoles. Les difficultés d’identification des Carabidae ou des insectes en général peuvent constituer des obstacles importants pour les chercheurs et étudiants. C’est pourquoi, avec l’appui du département SAD, un collectif de quatre techniciens décide de structurer un groupe de communauté de pratiques appelé « CarabiSAD ». Ce dernier a pour objectif premier de créer un outil opérationnel pour identifier les espèces principales rencontrées sur leurs sites d’étude.
Publié le 25 avril 2017
De plus en plus considérés comme un indicateur de la biodiversité, les Carabidae sont des insectes coléoptères souvent utilisés dans des recherches en écologie du paysage ou dans des études de milieux. Ils ont l’avantage d’être nombreux et d’occuper presque tous les milieux. Très véloces, et généralement nocturnes, ils sont considérés comme des auxiliaires des cultures et des forêts parce qu’ils sont des prédateurs d'organismes nuisibles aux cultures (vers, chenilles, limaces et escargots) mais aussi parce que certains d’entre eux consomment des graines d'adventices. Il en existe près de mille espèces en France. Beaucoup sont noires, et d'autres plus colorées. Leur taille varie du millimètre à plusieurs centimètres.
Les objectifs du groupe CarabiSad
Le réseau CarabiSad a été créé en 2010 suite au développement des recherches sur le rôle des Carabidae dans les éco-systèmes cultivés. C’est au départ un groupe d’échanges sur les pratiques et les savoir-faire autour de la difficulté d’identifier de façon rapide et fiable les espèces piégées.
« Nous ne nous sommes pas à l’origine des spécialistes en Carabidae, ni en entomologie par ailleurs, ce sont les circonstances de notre parcours professionnel au sein des équipes de recherche de l’Institut qui nous ont permis de rencontrer ce groupe taxonomique. Nous n’avons pas les compétences ni l’expérience des nombreux « carabologues » amateurs ou scientifiques, nous souhaitons simplement partager nos connaissances et valoriser nos données de terrain avec la construction d’un outil qui nous le souhaitons sera utile pour beaucoup ».
Parmi les nombreuses études qui comprennent des inventaires de biodiversité, le réseau constate que les Carabidae sont souvent les plus demandés des groupes taxonomiques inventoriés. Les raisons sont liées à leur abondance, leur diversité, leur présence dans tous les milieux, leur facilité d’échantillonnage et les nombreuses publications les concernant.
Les débutants à l’identification ont souvent peu de temps et de moyens à disposition (clés anciennes, peu adaptées, coûteuses…). L’outil que CarabiSad leur propose est différent des clés dichotomiques classiques dans la manière de représenter et d’interroger les critères d’identification.
Un outil d’aide à l’identification : la clé CarabAgri
Une clé de détermination est un outil permettant d'identifier une espèce (animale ou végétale). L’identification repose sur une succession de choix d'alternatives portant sur les caractères morphologiques observables du spécimen permettant de l'identifier étape par étape.
Dans le but d’identifier les Carabidae, CarabiSad propose une clé de détermination à partir d’un logiciel particulièrement bien adapté : le logiciel Xper. Entièrement gratuit, ce logiciel a été développé par le Laboratoire d’Informatique et Systématique (LIS) de l’Université Pierre et Marie Curie (Paris-Jussieu). Xper permet de créer, d’éditer et de gérer des connaissances descriptives. C’est un outil d’identification analytique à partir duquel on peut aborder les critères d’identification au choix : dans un ordre quelconque ou dans l’ordre qui semble le plus pertinent à la vue de l’insecte (la taille, la pubescence des antennes…). Chaque réponse à un critère réduit le nombre de possibilités jusqu’à l’identification de l’espèce ou des espèces les plus pertinentes. Cette clé de détermination a pour avantage de ne pas être figée et donc d’être évolutive, en ajoutant de nouvelles espèces, de nouveaux critères ou commentaires ainsi que des photos.
Pour nourrir leur outil, le réseau CarabiSad s’est appuyé sur la clé dichotomique créée par Jean-Luc Roger qui a réalisé un travail important (biblio, photos, observations…) avec l’appui d’Olivier Jambon (CNRS Rennes) pour la conception de sa clé. Les chercheurs et techniciens du réseau ont d’abord renseigné l’outil de détermination avec les espèces les plus communément piégées (avec des pièges à fosse) sur leur site d’étude. Celles-ci représenteraient le fond commun des espèces rencontrées dans tous les paysages agricoles des régions de plaines hors milieux particuliers comme les zones humides (marais, tourbières...), salées ou cavernicoles.
A qui est destiné cet outil ? La clé CarabAgri est un outil d’aide à la détermination destiné plutôt aux débutants.
« Nous souhaitons l’ouvrir à l’ensemble des « personnes » ou organismes intéressés par la reconnaissance des Carabidae du monde agricole : Chambres d’Agriculture, Services de la Protection des végétaux, Instituts, Ecoles supérieures d’agriculture, associations… et enfin aussi à tous ceux qui souhaitent découvrir et/ou acquérir des connaissances sur cette grande et plutôt jolie famille de Coléoptères ».