Le génome du chêne séquencé

Arbre emblématique, le chêne pédonculé (Quercus robur) fait partie de la section botanique la plus importante du genre Quercus : les chênes blancs, dont on dénombre 200 espèces et qui sont présents à la fois en Europe, en Asie et en Amérique. Grâce à un consortium piloté par l’Inra de Bordeaux-Aquitaine, en partenariat avec le Centre National de Séquençage du CEA (Génoscope), le génome du chêne pédonculé vient d'être séquencé. Trois années de travaux ont permis de décrypter l'ensemble de l'information génétique portée par ses 12 paires de chromosomes. Le consortium a caractérisé 50 000 gènes et estimé que la moitié des 1,5 milliard de paires de base du génome était constituée d’éléments répétés. C’est la première réalisation pour une espèce du genre Quercus, qui occupe une place importante au plan économique, écologique, mais aussi culturel dans de nombreux pays.

Le séquençage du génome du chêne pédonculé constitue une porte d'entrée unique pour analyser et comprendre la fonction des gènes de cet arbre emblématique. Son génome aura ainsi valeur de référence pour les autres espèces de chênes blancs, mais également pour des espèces plus éloignées de la famille des Fagacées (Châtaignier ou Hêtre). Il permettra d’étudier la régulation interne des espèces très longévives exposées à de forte variations climatiques annuelles, voire à des événements extrêmes au cours de leur vie. Ces recherches faciliteront également l’identification des gènes impliqués dans l'adaptation à l'environnement ou dans les relations symbiotiques entre leurs racines et les champignons mycorhiziens (comme le mycélium de la truffe). Elles permettront aussi l’identification des gènes responsables de la biosynthèse des extractibles du bois, tels que les tannins et whisky lactone, qui confèrent leur saveur et leur goût aux vins et alcools. Au plan de l’évolution, la séquence du génome du chêne permet d'ores et déjà aux chercheurs d’analyser plus finement les processus d’adaptation locale et de spéciation qui expliquent la diversité de ces arbres qui ont colonisé des milieux très diversifiés.

Ces travaux constituent une avancée majeure dans la connaissance de la biologie, de la génétique et de l’évolution des arbres, qui sera largement valorisée dans les recherches à venir portant sur la structure et le fonctionnement du génome de ces espèces pérennes. Au-delà de la connaissance académique, ces recherches ouvrent des perspectives dans des domaines plus appliqués, en réponse aux multiples questions sociétales portant sur l’évolution des forêts.