Génétique des animaux d’élevage Diversité et adaptation dans un monde changeant

La domestication des animaux et leur sélection sont fondées sur une longue histoire partagée entre les hommes, les animaux et les territoires. Elle s’est nourrie par l’accumulation continue de nouvelles connaissances et approches méthodologiques qui permettent de caractériser la diversité génétique et de progresser dans le choix des reproducteurs adaptés à des systèmes de production de plus en plus diversifiés en lien avec la transition agroécologique et la sécurité alimentaire mondiale. L’amélioration génétique contribue à façonner le vivant, ce qui pose des questions éthiques dont l’acuité est renforcée par les outils de la génomique et les « big data ».

Étienne Verrier est professeur à AgroParisTech et directeur-adjoint à INRAE de Jouy-en-Josas. Il enseigne la génétique animale et effectue des travaux de recherche sur les indicateurs de diversité génétique et sur la valorisation et l’inscription territoriale des races locales.

Denis Milan est directeur de recherche à INRAE. Chercheur en génomique animale à Toulouse, il a dirigé le département de Génétique animale de l’INRA de 2010 à 2017 ; il est depuis 2011 directeur adjoint de l’infrastructure nationale France Génomique.

Claire Rogel-Gaillard est directrice de recherche à INRAE de Jouy-en-Josas et coordonne le réseau multidisciplinaire Sciences animales Paris-Saclay. Ses recherches en génétique animale portent sur la caractérisation et la prédiction de la compétence immunitaire.

Editions Quae – coll. Savoir faire – 288 pages, août 2020 – 29 euros

EXTRAITS

Dans leur préambule, les auteurs précisent « quelle génétique, dans quel système de production, pour quel produit, dans quel territoire ». D’emblée, ils pointent le questionnement relatif aux approches en génétique aujourd’hui dans ce cadre très général de « l’amélioration » des animaux d’élevage. Et la question est alors immédiate, « amélioration de quoi » ? Il apparaît évident que les réponses peuvent être très variées, selon les situations, les espèces, les modes de production et la maîtrise des cycles de reproduction. Nos auteurs signalent aussi plus loin « avec un progrès génétique annuel jusqu’à deux fois supérieur en comparaison aux méthodes antérieures, ce bond technologique a renforcé la nécessité d’une gestion de la diversité génétique, afin de préserver une variabilité entre individus, indispensable à la capacité d’adaptation des populations aux attentes et contraintes de demain ». Oui, la question est bien ici, c’est d’ailleurs la même problématique chez les plantes d’intérêt agronomique. Comment, par nos programmes de sélection de plus en plus performants et sophistiqués, être capable aussi de maintenir une variabilité et un polymorphisme génétiques suffisants dans le contexte actuel de variations très rapides de nos conditions zootechniques et environnementales ?

Nous pouvons, pour illustrer nos propos, revenir sur la crise sanitaire que nous vivons en ce moment : elle résulte bien d’une maltraitance des espèces sauvages et domestiques, dans des conditions indignes de marchés ou d’élevages indigents et de l’appauvrissement aigu que vivent aujourd’hui nos écosystèmes naturels. Un travail de Felicia Keesing et de ses collaborateurs, publié dans la revue Nature il y a dix ans, avait insisté sur l’effet « dilution » dans le monde vivant. La propagation d’un parasite opportuniste, comme un virus, est freinée non seulement par la diversité des espèces, mais surtout par la diversité génétique interne à chacune. Cette diversité génétique intraspécifique est un vrai labyrinthe pour les parasites, qui doivent faire face à des individus toujours différents, dont certains leur résistent, ce qui freine leur expansion. La variabilité et la diversité qui en résulte sont des protections pour les hôtes. C’est le déclin de la biodiversité qui augmente les risques de transmission des pathogènes et l’émergence des maladies associées, en réduisant les populations d’hôtes et, ce faisant, la probabilité d’apparition des résistances. En fait, en génétique animale ou végétale, le but est bien l’amélioration des individus ou souches pour des propos de facilité d’élevage ou de culture, de croissance plus rapide ou de reproduction ou de productions de « produits » spécifiques comme les œufs, mais sans parvenir à une trop grande « uniformisation » du produit fini, qui serait alors trop appauvri génétiquement et incapable de se défendre lors de l’attaque d’un parasite ou d’un pathogène. C’est d’ailleurs tout le problème du clonage : à mêmes causes, mêmes conséquences.