Séquençage, annotation et pan-génomique chez le blé

Avec l’augmentation du nombre de génomes séquencés, les notions de pan-génome/core-génome deviennent prégnantes. Elles traduisent le fait que les variations génomiques entre individus d’une même espèce ne se limitent pas aux SNP. Les variations concernent la présence de séquences, usuellement les gènes, chez certains individus qui sont absentes chez d’autres. Le pan-génome désigne l’ensemble des séquences présentes à l’échelle d’un groupe, souvent une espèce, alors que le core-génome désigne uniquement les gènes partagés par tous au sein du groupe. L’identification des gènes dispensables devient ainsi un objectif particulièrement intéressant pour différencier les gènes essentiels des gènes d’adaptation à l’environnement, comme les gènes de résistance aux pathogènes par exemple.

Frédéric Choulet est Ingénieur de Recherche. Sa spécialité est la bioinformatique des génomes. Il a été impliqué dans le séquençage du génome du blé tendre, une espèce hexaploïde au génome complexe. Il mène des recherches pour caractériser la composition du génome et surtout sa variabilité aux échelles inter- et intra-spécifiques.

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