Thierry Candresse, un naturaliste chez les virus

Le nouveau virus reste le plus beau

Les naturalistes, vous savez ceux qui observent et étudient la nature ? Ce travail au grand air attirait Thierry depuis les bancs de l’école. Il fera de la botanique et de l’ornithologie durant ses loisirs mais, étudiant à l’INA-PG, il s’intéresse à la pathologie végétale. Une thèse dans le laboratoire de virologie de Josy Bové, en tant qu’attaché scientifique contractuel à l’INRAE de Bordeaux, suivie d’un postdoc en biologie moléculaire virale aux États-Unis… Les rencontres et les opportunités l’ont amené à devenir un naturaliste des virus. Il nous entraine, avec beaucoup d’enthousiasme dans ce nanomonde, encore largement à explorer : « ce qui est passionnant, c’est le côté naturaliste ». Intarissable, il explique : « La diversité des virus est sans commune mesure avec les autres formes de vie. Ils n’ont aucun dénominateur commun. » Longtemps, les virus n’ont pu être étudiés qu’à partir des symptômes et des dégâts qu’ils causaient. Aujourd’hui, on identifie un virus via son ARN (molécule d’acide nucléique qui porte l’information génétique du virus). Pour certains groupes viraux, 90 % de ce qu’on trouve est nouveau. Et pour Thierry, « le nouveau virus reste le plus beau ».

Un nanomonde accessible par le virome

Pionnier des approches du virome

Les virus ne connaissent pas de frontières et, au fil des collaborations, Thierry est devenu internationalement reconnu à la fois pour ses travaux sur la virologie des arbres fruitiers et pour ses approches du virome, dont il a été un pionnier. « Cela implique aussi de ne pas s’intéresser qu’à son virus à soi ! », précise-t-il. Le virome ? C’est l’ensemble des virus présents dans un échantillon, une population ou un milieu. Son outil d’exploration principal est le séquenceur haut débit allié à la bioinformatique.

À peine arrivés, il nous entraine vers une parcelle de châtaigniers présentant des symptômes de mosaïque : retour sur un « cold case » de la pathologie végétale, une maladie décrite il y a plus de 60 ans mais dont le virus causal restait inconnu. Thierry vient seulement de l’identifier, en collaboration avec des collègues italiens. Un test de diagnostic a pu être mis au point en collaboration avec le CTIFL (Centre technique interprofessionnel des fruits et légumes) pour garantir la production de plants et porte-greffes sains. Revenus au labo, Thierry nous évoque ses travaux sur les virus des grandes cultures transmis par des insectes, comme la jaunisse de la betterave ou la jaunisse nanisante des céréales à paille. Durant 20 ans ces virus étaient contrôlés avec des insecticides néonicotinoïdes et n’ont plus fait l’objet de recherches. Mais pour s’affranchir de ces pesticides, il faut désormais « refaire les bases car des pans entiers de connaissance sont à présent à revisiter », explique-t-il. Avec des collègues microbiologistes, il a par ailleurs forgé le concept de pathobiome. Il s’agit d’étudier les interactions microbiennes qui interfèrent avec les agents pathogènes et leur relation à l’hôte. Des connaissances qui devraient permettre de suggérer de nouvelles solutions de lutte alternatives aux produits phytopharmaceutiques.

Apporter des solutions de lutte

Le virome est devenu accessible par la révolution du haut débit, un virage effectué à la toute fin des années 2000 par Thierry alors que ces techniques étaient encore peu développées : « on a pris ce train-là, on y est toujours ». Ses premières recherches s’appliquent aux virus des arbres fruitiers, dont celui de la sharka, maladie aux forts impacts économiques. À l’occasion de travaux sur la mosaïque de la laitue, il explore les potyvirus et leurs interactions avec les plantes. Il apporte, avec son équipe, la preuve que le mécanisme de résistance génétique est le même que celui identifié chez le poivron contre un autre virus par ses collègues d’Avignon : donc un mécanisme assez transversal dans le règne végétal. Grâce à ces différentes connaissances, Thierry et son équipe ont mis au point de nombreux tests de diagnostic, « l’une des clés de la lutte ». Ils ont aidé au développement de variétés résistantes et de méthodes de lutte, et formulé des recommandations pour les pouvoirs publics. Ainsi, il a effectué 8 ans d’expertise auprès de l’autorité de santé européenne (EFSA), participant à définir et mettre à jour les listes d’organismes de quarantaine et les méthodologies d’évaluation des risques qu’ils engendrent.

Manager et enseigner, toujours avec une touche de fantaisie

Durant ses deux mandats de chef de département adjoint (1998-2006), Thierry accompagne la naissance et la structuration du département Santé des plantes et environnement d'INRAE. Puis il initie la création d’un institut fédératif de recherche sur les agrosciences, fort aujourd’hui d’une communauté de plus de 500 personnes. Il porte le projet de création d’une grande unité mixte de recherche avec l’université de Bordeaux, dont il assure la direction pendant 11 ans. Durant ce temps, il choisit de toujours garder un pied dans la recherche. Avec le recul, il apprécie qu’INRAE permette des développements de carrière très différents. La liberté et la confiance accordées ont été précieuses. L’articulation des structurations nationales et régionales a demandé un dialogue constant et pas mal de pédagogie ! Le Laurier ? Une reconnaissance qui fait plaisir et valorise aussi l’équipe ! « Je ne m’y attendais pas du tout au regard de ceux qui l’avaient déjà reçu », confie-t-il.

Le goût de transmettre

Et le terrain alors ? Il nous raconte qu’au cours d’une promenade sur le canal du Midi, il a trouvé des frênes avec de beaux symptômes viraux qu’il a ramenés au labo pour les analyser. « On y a trouvé un virus que des collègues allemands avaient déjà décrit sur frêne avec des symptômes comparables ». Plantes compagnes des cultures comme la morelle et plantes invasives feront l’objet d’investigations similaires… « C’est dispersif pour mon équipe mais ils me supportent avec mon côté “tout fou” », reconnaît-il. Cette même ouverture lui permet également de répondre à des demandes de professionnels sur des espèces en mal de recherches, comme récemment sur la carotte ou l’échalote.

Thierry a le goût de transmettre, conscient qu’« accueillir des étudiants en master dans un labo est un investissement pour recruter les meilleurs ». Si 40 % des scientifiques de l’unité sont des enseignants-chercheurs, pour sa part, il est impliqué dans une école doctorale de Bordeaux. « Il sait raconter la science en nous captivant », témoigne Déborah, l’une de ses thésardes. Au cours de sa carrière, Thierry aura su transmettre avec beaucoup de talent le virus de la recherche et du virome !

_{Notes :
IFR : institut fédératif de recherche
UMR : unité mixte de recherche
CTIFL : Centre technique interprofessionnel des fruits et légumes
ARN viral : molécule d'acide nucléique qui porte l'information génétique du virus}