Stéphane Fabre, de l’animal au gène, du gène à l’animal

Quel est votre parcours INRAE ?

Stéphane Fabre : « Je voulais faire des études courtes mais j’ai été refusé en BTS maintenance aéronautique et en DUT génie biologique ! Je me suis alors orienté vers la biologie à l’université de Clermont-Ferrand, et ce n’est qu’en DEA que j’ai eu une révélation quand je suis enfin entré dans un laboratoire de recherche ! Là, j’ai trouvé ma voie, je suis sorti major de ma promotion, j’ai obtenu une bourse du Ministère de la Recherche et fait une thèse en biologie moléculaire sur un sujet autour de la reproduction chez les souris mâles.

Je savais que je voulais devenir chercheur mais je n’imaginais pas que ce serait à INRAE compte tenu de mon profil en recherche fondamentale. Après plus de trois années passées en stage post-doctoral à m’intéresser à la rétrovirologie humaine, en septembre 1999, j’ai obtenu un poste de chargé de recherche en biologie de la reproduction du mouton, au sein du centre INRAE Val de Loire.

En 2000, quasiment dès mon arrivée, j’ai démarré une collaboration avec des généticiens du centre INRAE Occitanie-Toulouse sur le thème du contrôle génétique de la prolificité des ovins : comment une mutation unique du génome peut amener une brebis à avoir plusieurs ovulations en même temps et donc plus de petits à chaque mise-bas ? Cette question vieille de 22 ans, m’occupe encore aujourd’hui.

Pour répondre à cette question, pendant plusieurs années j’ai travaillé à mi-temps sur les deux centres, faisant les allers-retours entre Nouzilly et Toulouse. En 2011, j’ai obtenu une mobilité sur le centre de Toulouse puis j’ai été affecté au laboratoire GenPhySE à sa création en 2014. J’ai réussi le concours de directeur de recherche en 2015 et j’ai rejoint le département de génétique animale. »

Quelles sont vos missions ?

S.F. : « Ma première mission est la production de connaissances scientifiques et l’encadrement. Je réalise cette mission au sein du laboratoire GenPhySE, dans l’équipe GenRoc (Génomique des Ruminants Ovins et Caprins). Nous travaillons sur le déterminisme moléculaire de caractères d’intérêt concernant la santé, l’adaptation et la reproduction des petits ruminants. Je m’occupe plus particulièrement de la reproduction en essayant de maintenir notre leadership mondial pour la découverte de mutation de fécondité chez la brebis. Aidé par mes collègues généticiens, cela fait 22 ans que je « chasse » ce type de mutation et que j’essaie de comprendre comment elles fonctionnent. J’ai encadré 4 thèses sur le sujet. Nous avons découvert, ou collaboré à la découverte, de 11 des 17 mutations connues dans 4 gènes différents contrôlant la prolificité des brebis. Ceci m’amène à collaborer avec les filières d’élevage en France mais aussi dans toute l’Europe, l’Afrique du Nord et l’Iran. En dehors des publications, les résultats sont ensuite transmis aux instituts techniques et aux professionnels de l’élevage. Nous travaillons beaucoup avec l’Institut de l’élevage (IDELE) qui a pour vocation d'améliorer la compétitivité des élevages herbivores et de leurs filières. Tout notre travail est alors de montrer l’intérêt de prendre en compte les mutations dans la valeur génétique des animaux. In fine, ces résultats aideront les éleveurs à mieux manager leurs troupeaux.

Ma seconde mission, en tant que directeur de recherche, c’est aussi l’animation de collectifs de recherches et la participation aux instances de fonctionnement INRAE. Je suis animateur de l’équipe GenROC et également animateur scientifique de l’Installation expérimentale ovine de Langlade basée à Pompertuzat. Cette installation, cruciale pour mes recherches, héberge 350 brebis dont s’occupent 4 collègues animaliers.  Je suis également membre du conseil scientifique du département de génétique animale et membre de la commission scientifique spécialisée de génétique végétale et animale pour l’évaluation des chercheurs. Je suis aussi chargé de mission pour le département de génétique animale pour le développement des coopérations avec le continent africain. »

Comment travaillez-vous au quotidien ? 

S.F. : « Je suis très souvent devant mon ordinateur pour analyser des données, écrire des articles ou des projets, évaluer d’autres articles, projets ou dossiers. Mais j’aime la paillasse et je réalise encore quelques manips et dès que je le peux, je vais sur le terrain au contact des animaux. C’est ce que je demande aussi à mes thésards, d’être des couteaux suisses : manipulation des animaux, bio-informatique, biologie moléculaire, dosages hormonaux…Il faut être en mesure de passer de l’animal au gène et du gène à l’animal.

Ce que j’aime dans ce métier en plus de la connaissance scientifique, c’est de me rapprocher des filières et comprendre leurs problématiques. Parfois pour notre expertise génétique, nous avons des demandes d’aide qui remontent, comme par exemple une recrudescence d’agneaux naissant sans peau sur les pattes et le museau, affectés par le syndrome d’épidermolyse bulleuse. En 3 mois et grâce aux outils de la génomique à haut-débit, nous avons pu aider directement les éleveurs en découvrant la mutation causale et en mettant au point un test de génotypage afin qu’ils gèrent leurs troupeaux et évitent cette tare. Ce n’était pas une grande découverte scientifique mais nous avons eu la satisfaction d’être utiles sur le terrain. Cet engagement est à la base du montage d’un projet d’observatoire des anomalies génétiques chez les petits ruminants. »

Et après le bureau ?

S.F. : « Je suis un bricoleur dans l’âme à INRAE comme à la maison ! Mon couteau suisse est bien connu de mes collègues. Donc je fais beaucoup de travaux de bricolage à la maison et chez les amis. J’aime les activités sportives : VTT, badminton, la course à pied… Je suis aussi fan de ski et je monte en famille à Ax-les-Thermes dès qu’il y a de la neige ! »