Marie Simonin, au cœur du microbiote des graines

Le microbiote des plantes comme alternative aux produits phytosanitaires

Marie Simonin est une jeune chercheuse recrutée sur concours en 2019 par le département Santé des Plantes et Environnement. Elle a intégré l’équipe EmerSys au sein de l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) à Angers. Cette unité développe des activités de recherche visant à des systèmes performants, sains et durables pour les filières horticoles et la production des semences. 

Les recherches menées par Marie Simonin visent à évaluer le rôle du microbiote des graines dans la résistance des plantes à des stress ou à des agents pathogènes. A travers son projet de recherche elle tend à démontrer quels microorganismes composent le microbiote des semences, lesquels sont communs à de multiples espèces végétales et lesquels sont spécifiques. Elle effectue une synthèse des connaissances sur le microbiote des semences en analysant l’ensemble des données publiées par séquençage haut-débit  pour ensuite reconstruire des microbiotes synthétiques similaires à ceux retrouvés dans les semences afin de mieux comprendre le rôle du microbiote dans la germination et l’émergence des plantes. Pour cela, la jeune chercheuse s’appuie sur des expérimentations en serre, des techniques de microbiologie, biologie moléculaire, phénotypage et des analyses bio-informatiques. Ces expérimentations permettront d’identifier des compositions microbiennes bénéfiques pour améliorer la germination des semences et limiter l’invasion d’agents phytopathogènes. 

Marie Simonin aime la diversité des interactions et des tâches qu’elle est amenée à réaliser dans son métier et affectionne tout autant travailler en serre qu’au laboratoire. Elle travaille sur des sujets de société importants et parfois sensibles, comme la pollution environnementale ou la transition écologique en essayant de toujours garder le lien avec les acteurs de terrain (associations, semenciers). Elle souhaite que ses recherches participent à trouver des solutions pour rendre l’agriculture plus durable et respectueuse de l’environnement. 

Une passion pour la recherche académique 

La jeune chercheuse se spécialise en écologie microbienne au cours de ses études et se découvre une passion pour les microorganismes du sol pendant son stage de Master. Elle le réalise à l’Institut d’Ecologie et des Sciences de l’Environnement de Paris où elle étudie les communautés microbiennes du sol des prairies et leurs réponses aux changements globaux. Elle poursuit son parcours en travaillant sur l’impact de polluants émergents, les nanomatériaux métalliques, sur la diversité et les fonctions du microbiote du sol, pendant son Doctorat au Laboratoire d’Ecologie Microbienne de Lyon. Elle étudie ensuite l’impact des nanomatériaux dans les écosystèmes terrestres et aquatiques lors de son post-doctorat au département de biologie de la Duke University aux Etats-Unis. Elle réalise enfin un post-doctorat dans l’unité Interactions Plantes-Microorganismes Environnement à Montpellier sur la caractérisation des microbiotes de plantes et leurs réponses à différents types de pratiques agricoles, avant d’intégrer INRAE. 

Marie Simonin estime devoir beaucoup à ses encadrants lors de son parcours et souhaite, transmettre à son tour, ses connaissances aux stagiaires, doctorants et post-doctorants du laboratoire pour les préparer à des carrières où ils pourront relever les défis de la transition écologique en agriculture. Elle souhaite marcher dans les pas des femmes scientifiques exceptionnelles qui l’ont encadrée, pour promouvoir la carrière des femmes en science, et prôner une science plus inclusive et ouverte.