Gentyane : 20 ans d’innovations en génomique au service des transitions agricoles et environnementales

Labellisée Infrastructure Scientifique Collective INRAE, membre de l’infrastructure nationale Genomics INRAE et du programme France Génomique, certifiée ISO 9001 et NF X50-900, Gentyane s’appuie sur un haut niveau d’exigence scientifique et technologique. Depuis 20 ans, elle a accompagné plus de 1 700 projets portant sur plus de 300 espèces végétales et animales, mobilisant une équipe d’ingénieurs et de techniciens spécialisés en génotypage et séquençage.

Une révolution technologique en 20 ans 

En deux décennies, la génomique a connu une accélération spectaculaire, passant d’approches longues et coûteuses – tant financièrement qu’humainement, à des technologies rapides, accessibles et à très haut débit, mais d’un niveau technologique toujours aussi exigeant.

À titre d’exemple, le séquençage complet du génome du tournesol, réalisé en 2016, avait nécessité 1 an ½  de travail et un investissement d’environ 1 million d’euros. Aujourd’hui, grâce aux nouvelles générations de séquenceurs comme le Pacific Biosciences Revio – installé à Gentyane en 2023, une première en France – cette opération peut être réalisée en 24 heures pour un coût d’environ 3 000 euros.

Cette avancée repose notamment sur le séquençage de fragments longs d’ADN, permettant d’obtenir des génomes complets avec une précision inégalée. Le Revio est jusqu’à huit fois plus performant que les technologies précédentes, illustrant une dynamique d’innovation continue. « Nous sommes passés d’une logique d’exploration à une capacité d’analyse massive et fine du vivant. Aujourd’hui, produire des données coûte parfois moins cher que les stocker », souligne Charles Poncet, responsable de la plateforme. 

Comprendre et exploiter la diversité génétique

« Au sein de l’ADN, il s’agit d’identifier une base qui diffère », Charles Poncet - responsable de la plateforme Gentyane

Au-delà du décryptage, c’est l’identification de polymorphismes, ces variations génétiques qui déterminent des caractères d’intérêt agronomique, environnemental ou zootechnique que les scientifiques mettent à jour. « Au sein de l’ADN, il s’agit d’identifier une base qui diffère », précise Charles Poncet. 

Ces analyses permettent notamment :

• d’accélérer la sélection variétale des plantes face au changement climatique ;
• d’identifier des espèces ou lignées plus résistantes aux stress (sécheresse, maladies) ;
• d’accompagner l’évolution des espèces animales dans des environnements en mutation.

Le blé, espèce emblématique étudiée à Gentyane, illustre ces enjeux : son génome, d’une densité et complexité comparable à une encyclopédie de 30 volumes de 1 000 pages chacun, est au cœur des recherches pour une agriculture plus durable.

Des applications concrètes au service de la société

Les travaux de Gentyane trouvent des applications directes dans de nombreux domaines. Pour n’en citer que quelques-uns parmi les 1723 projets déjà menés :

• Aquaculture : le sexage précoce de l’esturgeon, grâce à l’identification de marqueurs génétiques, permet d’optimiser la production sans attendre la maturité sexuelle (6 ans).
• Écologie et biodiversité : l’étude  de la diversité génétique de populations de marmottes dans le massif des Écrins, à partir de simples poils, permet de retracer leurs déplacements et leur dynamique de reproduction.
• Agriculture : développement de variétés adaptées aux contraintes climatiques et aux pratiques agroécologiques.

« Développer et décrypter le patrimoine génétique, c’est contribuer à construire des solutions durables pour la société. », Jérôme Salse, directeur unité GDEC

Face aux défis globaux – changement climatique, sécurité alimentaire, préservation de la biodiversité – les technologies de génotypage et de séquençage jouent donc un rôle stratégique. Gentyane s’inscrit pleinement dans cette dynamique, en assurant une veille technologique permanente et en faisant l’acquisition et s’appropriant des outils toujours plus performants, rapides et accessibles. Elle agit également comme partenaire scientifique, accompagnant les projets dès leur conception pour orienter les choix méthodologiques. 

Au-delà de la performance technologique, ces avancées soulèvent aussi des enjeux sociétaux majeurs : gestion et stockage des données massives, partage des ressources génétiques, accessibilité des technologies, et acceptabilité des innovations en génomique. « Développer et décrypter le patrimoine génétique, c’est contribuer à construire des solutions durables pour l’agriculture, l’environnement et la société », rappelle Jérôme Salse, directeur de l’unité GDEC.